Gedmatch.com поклапања

ДНК порекло > Аутосомална ДНК

<< < (2/3) > >>

Uzi:

--- Цитат: Сремац Октобар 05, 2017, 12:12:36 поподне ---Свака част,
надам се да ћу и ја бити ускоро у прилици да тестирам сроднике. Засада најближе подударање ми је у четвртом колену...

Неко од твојих сродника ми је такође далеки рођак:

--- Крај цитата ---

Одлично, тестирање познатих сродника увек олакша разјашњавање непознатих. :) И увек је најбоље тестирати најстарије генерације, јер се са сваком новом генерацијом губи око 50% ДНК. А кад се тестира довољно сродника може се направити и ДНК профили наших предака. Али о томе можда треба отворити посебну тему.

Да видим сад да сте далеки рођаци, а кад тестираш сроднике видечемо са које стране ти дође та веза. :)

Полић:
Ево један приказ мојих поклапања са GedMatch-a.Први на листи је један Американац, кога сам контактирао, и испоставило се да смо заиста род, јер је његова мајка од Радуловића из Горњег Поља код Никшића, рођена сестра познатог сликара Сава Радуловића. Моја веза са господином Sansbury-јем је преко моје прабабе која је била такође од Радуловића. Калкулатор нам даје удаљеност од 3.8 генерација. Моја прабаба и његов деда су од два брата деца, дакле наш последњи заједнички предак је отац мог чукунденде по тој линији. Ако обратите пажњу на поклапање икс хромозома, види се да само са њим имам поклапање на том хромозому. Са свима осталима је 0. Нисам никад веровао да је могуће наћи заиста сроднике са којима је могуће испратити везу преко оваквих алата, али изгледа да ово ради посао :)

НикПав:
Ево један пример мојих познатих рођачких веза, али није са Gedmatch него 23 and me и Ancestry:

23 and me

Ј.С. 119cm у пет сегмената (8.09,12.71,62.35,11.23,23.8.) веза је и преко Павловића и преко бабиних Даниловића а заједнички преци су рођени око 1820 и 1840. Ћерка рођеног брата мог наврдеде Павловића је била удата за сина чукундединог рођеног брата Даниловића.

Ancestry има мало чудан алгоритам Timber који воли да уклања неке делове поклапања за које мисли да су део ширег ИБД

М.С. је стриц претходног поклапања, само тестиран преко Ancestry и нас двојица делимо свега 47 cm у три сегмента (84 cm пре интервенције алгоритма са 65 cm најдужим комадом).

Н.А. је његова ћерка и са њом делим 22 cm у три сегмента (32 пре "интервенције" са 15 cm најдужим сегментом).

Многи се жале на овакав систем који има Ancestry, а они нажалост немају ни опцију chromosome browser.

Драган Обреновић:
За све који су секвенцирали комплетан геном преко Dante Labs:

Пре пар дана Велибор (Ojler) је препоручио једну врло згодну софтверску апликацију под називом WGS Extract (заправо колекција готових скриптова за samtools) а која аутоматизује процес издвајања очитавања Y хромозома из свеобухватног .BAM фајла који има преко 40GB:

https://wgsextract.github.io/

Међутим, осим "чупања" очитавања Y хромозома, апликација нуди још неколико згодних функционалности "на клик", међу којима је и могућност да од комплетно секвенцираног генома направите аутозомалне фајлове у свим најпопуларнијим форматима (видети слику доле):

Битна напомена - за ово вам је потребан GRCh37/hg19 BAM датотека, пошто GEDMatch само такве "гута", што експлицитно и пише на самом дну њиховог формулару за слање (upload) аутосомалних резултата:

Your data must be Build 37 (GRCh37/hg19)

Препоручујем генерисање аутосомалне датотеке која укључује унију снипова од свих пет компанија које врше аутозомална тестирања (23andMe, Ancestry, FTDNA, Living DNA, MyHeritage). GEDMatch је без проблема прихватио овај "супер кит" формат, који би требало да вам отвори максимални могући потенцијал за проналажење сродних особа, без обзира код које фирме су те друге особе тестиране.

НикПав:
После екстракције БАМ и стављања суперкита на Гедмеч, број поклапања на листи ми је спао за скоро 10000 :D Број корисних СНПс је преко милион (са појединачним китовима је обично око 500000-60000).
Неки који су деловали толико блиски да су ме чак и контактирали нису више тако блиски, други су сада ближи по дељеним днк сегментима, а неки су нестали (пошто имам сачуване бројеве китова неких који су ме заинтересовали, видим да они нису били лажна поклапања, само су спали испод 7цм по сегменту, што је минимум да би се особа појавила као поклапање на листи). Неки, махом странци, су потпуно испарили.

Навигација