YFull

[Ивица Јовановић]

Bonjour , combien de temps ca met pour les resultats de la nouvelle mise a jour svp . Merci

trois semaines

[Željko]

Bonjour , combien de temps ca met pour les resultats de la nouvelle mise a jour svp . Merci

Мени је трајало 14 дана, а Ђурђићу 12 дана, управо је и он одкључао Т2T.

[Drvoseča]

Да ли је неко радио надоградњу на Т2Т код Дантеа? Ја сам наручио пре две недеље, стигла ми је потврда на мејл...и апсолутно ништа после тога, никаква инструкција, информација, ништа. Писао сам им два пута, без одговора. Претпостављам да је везано све за њихово свеопште закрчење, али, рекох, да проверим да ли неко овде можда зна више.

[Драган Обреновић]

Да ли је неко радио надоградњу на Т2Т код Дантеа? Ја сам наручио пре две недеље, стигла ми је потврда на мејл...и апсолутно ништа после тога, никаква инструкција, информација, ништа. Писао сам им два пута, без одговора. Претпостављам да је везано све за њихово свеопште закрчење, али, рекох, да проверим да ли неко овде можда зна више.

Јесам ја, три пута. Први пут су ми послали пар дана по поруџбини мејл и питали за који кит сам поручио T2T поравнање (пошто под истим налогом имам 5-6 китова)?

Код друге и треће поруџбине пут сам ја превентивно одговорио на онај мејл са потврдом куповине и дао им податке да се поруџбина број <тај и тај> односи на кит <тај-и-тај>. Иначе, прво поравнање су завршили за неких 7 дана, друго је трајало добрих 15 дана, а треће сам јуче тек поручио па ћемо видети за колико ће да заврше.

Иначе, како можете проверити да ли су започели процес поравнања - FASTQ фајлови које није било могуће преузети ако сте се давно тестирали (јер су премештени у "хладно складиште" на Амазону), после 2-3 дана од потврде поруџбине постану поново доступни за download. То значи да им је Амазон "одмрзнуо" FASTQ фајлове, који су им потребни за T2T поравнање.

[Драган Обреновић]

Иначе, немају обичај ни да јаве да је поравнање завршено (тј. први пут су јавили 7 дана након што сам ја већ видео да је завршено). А да је завршено, видите тако што се појави гомила фајлова са ознаком T2T у називу:

[Drvoseča]

Јесам ја, три пута. Први пут су ми послали пар дана по поруџбини мејл и питали за који кит сам поручио T2T поравнање (пошто под истим налогом имам 5-6 китова)?

Код друге и треће поруџбине пут сам ја превентивно одговорио на онај мејл са потврдом куповине и дао им податке да се поруџбина број <тај и тај> односи на кит <тај-и-тај>. Иначе, прво поравнање су завршили за неких 7 дана, друго је трајало добрих 15 дана, а треће сам јуче тек поручио па ћемо видети за колико ће да заврше.

Иначе, како можете проверити да ли су започели процес поравнања - FASTQ фајлови које није било могуће преузети ако сте се давно тестирали (јер су премештени у "хладно складиште" на Амазону), после 2-3 дана од потврде поруџбине постану поново доступни за download. То значи да им је Амазон "одмрзнуо" FASTQ фајлове, који су им потребни за T2T поравнање.

Ја сам резултате добио  прошле године, сви фајлови су ми и даље ту. Сачекаћу још, само сам хтео да проверим овде друга искуства,  јер никакав одговор не добијам од њих. Написао сам за који је кит прошле недеље, можда само не одговарају због гужве

[Драган Обреновић]

Ја сам резултате добио  прошле године, сви фајлови су ми и даље ту. Сачекаћу још, само сам хтео да проверим овде друга искуства,  јер никакав одговор не добијам од њих. Написао сам за који је кит прошле недеље, можда само не одговарају због гужве

Па фајлови јесу и даље ту, али након неколико месеци више нису доступни за преузимање (они баш велики фајлови - BAM и FASTQ). Ако се кликне на дугме "Download" обично искочи оваква порука о грешци:



Ако вама и даље ради преузимање BAM/FASTQ фајлова, годину дана од окончања секвенцирања, то је врло редак случај.

[Drvoseča]

Па фајлови јесу и даље ту, али након неколико месеци више нису доступни за преузимање (они баш велики фајлови - BAM и FASTQ). Ако се кликне на дугме "Download" обично искочи оваква порука о грешци:



Ако вама и даље ради преузимање BAM/FASTQ фајлова, годину дана од окончања секвенцирања, то је врло редак случај.

Да, само сам видео линк, нисам испробавао, сада видим да искаче грешка. Ја и Данте у вечитом неразумевању међусобном. Хвала на помоћи и корекцијама, Драгане

[Grbić]

Иначе, немају обичај ни да јаве да је поравнање завршено (тј. први пут су јавили 7 дана након што сам ја већ видео да је завршено). А да је завршено, видите тако што се појави гомила фајлова са ознаком T2T у назив

Hvala Dragane na informaciji.
Sad pogledah i meni stiglo,ko zna dok kad bi čekao
Slična stvar i sa WGS rezultatima kod Dantea,piše da je sekvenciranje još u toku a fajlovi stigli.

[Drvoseča]

Само да јавим да су ми стигли Т2Т фајлови код Дантеа. Тачно две недеље од уплате, само нису хтели да се баве одговарањем на моје поруке, очигледно.

[Drvoseča]

Мени је Yfull за један дан завршио поравнање. Девет свежих новела, од тога за четири стоји да су приватне (ако добро читам ову табелу).

[Драган Обреновић]

YFull стабло није ажурирано још од 21. јула 2023. године, у смислу додавања нових подграна које се виде на "live" стаблу. Разлог је вероватно преоптерећеност њихових сервера услед великог броја поручених надградњи на T2T, које још увек обрађују. Међутим, ових дана су урадили опсежне исправке старости грана на овом тренутном стаблу из јула ове године.

Обзиром да сам буквално све резултате које администрирам надоградио на T2T (сем једног, који је секвенциран код YSEQ-a који не чува фајлове након што их преузмете) упоредио сам нове процене старости са стањем стабла пре корекција. Као што се види, промене старости након T2T надградње су по правилу биле са веће на мању вредност, осим за кровну хаплогрупу R-FTA27217 где је старост гране сасвим незнатно повећана.

[Exiled]

Делимичним поравнањима по најмлађој грани нигде нећемо стићи ако најближи из гране,назовимо га парњак, не поравна своје резултате на Т2Т. Тако да естимација опет неће бити исправна. Временом ће се то испеглати али у овом моменту није озбиљна уколико ваш парњак није учинио исто. Пластично, ја сам поравно на Т2Т али Видовић није,естимација је отишла са 425 на 500, питање је шта би било да је и он поравно.

[Драган Обреновић]

Делимичним поравнањима по најмлађој грани нигде нећемо стићи ако најближи из гране,назовимо га парњак, не поравна своје резултате на Т2Т. Тако да естимација опет неће бити исправна. Временом ће се то испеглати али у овом моменту није озбиљна уколико ваш парњак није учинио исто. Пластично, ја сам поравно на Т2Т али Видовић није,естимација је отишла са 425 на 500, питање је шта би било да је и он поравно.

Па добро, тако је то, неко мора први да "повуче"

Поравнањем на T2T референтни геном типично исплива гомила нових SNP-ова. Лавовски део су заправо само нови дефинишући снипови за већ постојеће гране, али постоји потенцијал и да се открију нови обједињујући снипови за две или више постојећих грана, или да се открије приватна мутација (новел). Ово последње је, чини ми се, најмање вероватно.

Свакако T2T има потенцијал да побољша "резолуцију" стабла и да омогући веродостојније процене старости, само треба бити стрпљив да довољан број људи надогради своје резулате.

[Exiled]

Па добро, тако је то, неко мора први да "повуче"

Поравнањем на T2T референтни геном типично исплива гомила нових SNP-ова. Лавовски део су заправо само нови дефинишући снипови за већ постојеће гране, али постоји потенцијал и да се открију нови обједињујући снипови за две или више постојећих грана, или да се открије приватна мутација (новел). Ово последње је, чини ми се, најмање вероватно.

Свакако T2T има потенцијал да побољша "резолуцију" стабла и да омогући веродостојније процене старости, само треба бити стрпљив да довољан број људи надогради своје резулате.

Стрпљен спашен😊

[Милан Петровић]

Promena i kod nas, sada smo PH908-Y515812-FT277965...

Ovo je ocigledno FTT63.

[Милош]

Да ли може неко да објасни цео процес око T2t поравњања, али у детаље, од наручивања до пребацивања на Yfull. И ко све може да то уради. Нпр. да ли ми који имамо BigY500 можемо да радимо и сл.

Може и као посебна тема.

[Драган Обреновић]

Свима који су тестирани преко FTDNA, поравнање на T2T ради директно YFull, па ево прво упутство за FTDNA:

Први корак је да припремите линк до свог BAM фајла са FTDNA, jер приликом поручивања надоградње на T2T на YFull сајту, неопходно је поново "пејстовати" линк до BAM фајла (претпоставка је да сте претходно доплатили за могућност да преузмете свој BAM фајл, односно доплатили 100$).

Ево како да то урадите:

• Уђете на свој налог на FTDNA
• Results & Tools > Big Y > Results
• У горњем десном углу има дугме "Download files". Кликнете на њега и из менија изаберете опцију "Download BAM"
• Кликнете на зелено дугме "Share BAM"
• Појавиће се линк до BAM фајла. Кликните на дугме "Copy" да ископирате линк у clipboard

Сада идите на YFull, и у прегледу "My orders" кликните поред свог имена на наранџасто дугме "Hg19 > T2T" ili "Hg38 > T2T".



Пејстујте линк до BAM фајла, штиклирајте опцију "I agree on the processing and storage of my raw data..." и коначно на дугме "Order Now!".



YFull ће вам послати мејл када је надградња на T2T завршена и том приликом се врши и плаћање услуге (дакле на самом крају).

[Драган Обреновић]

Упутство за YFull надградњу на T2T zа онe који су се тестирали преко фирме Dante Labs.

Идите на следећи линк и поручите надградњу на T2T:

https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t

Одмах по куповини, стићи ће вам аутоматски мејл са потврдом куповине од корисничке подршке фирме Dante Labs. Како бисте скратили процедуру, одмах одговорите на мејл и реците за који серијски број кита треба урадити надградњу на T2T (у супротном, чекаћете неколико дана да вас они то питају).

После 2-3 недеље, надградња ће бити завршена и у одељеку Reports > Raw Data Library на сајту https://genome.dantelabs.com, појавиће се група датотека које у имену имају T2T.

За слање на YFull је потребан само BAM фајл:



Dante Labs нема могућност да направи јавни линк до T2T BAM фајла који можете пејстовати на YFull, тако да се "достава" на YFull може урадити на неки од следећа два начина:

1) Пошаљете мејл на [email protected], обавезно са адресе који сте користили за регистрацију налога на YFull, доставите им своје корисничко име и лозинку за https://genome.dantelabs.com и замолите их да сами преузму T2T BAM фајл (обавезно нагласите и за који YFull кит, да би се избегли неспоразуми).

2) Други начин је да ви преузмете T2T BAM фајл (величине је око ~50GB, па преузимање уме да потраје неколико сати), ставите га на свој Google Drive, OneDrive или Dropbox и генериште јавни линк за дељење фајла. Онда приликом поручивања на YFull (видети претходну поруку на форуму) пејстујете линк до T2T BAM фајла који је сада на вашем личном диску "у облаку".

Када надградња на T2T буде завршена, добићете мејл од YFull и онда можете платити услугу, чиме ће цела процедура бити завршена и ваш T2T поравнати резултат ће се појавити на стаблу.

[Драган Обреновић]

Што се тиче надградње за кориснике који су се тестирали преко фирме Nebula Genomics, немам личних искустава са њима, па ако је неко надограђивао свој Nebula WGS резултат на T2T, позивам га да напише овде како је то урадио.

Оно што сам негде прочитао на интернету јесте да су већ неко време сви нови резултати WGS тестова код Nebule "фабрички" већ поравнати са T2T референтним геномом, тако да се ово питање заправо односи само на старије тестове.

Нова верзија програма WGS Extract која ускоро треба да буде објављена, требало би да има подршку и за обраду T2T BAM фајлова.