Број јединствених СНП-ова

ДНК порекло > Основе генетичке генеалогије

<< < (2/6) > >>

mladjo:

--- Цитат: Селаковић Фебруар 27, 2017, 03:31:31 поподне ---Хвала, Млађо! А јединствених СНП-ова имаш ли?

--- Крај цитата ---

R1a L1280 YP3992 Y16016...а затим низводно имам још 8 "личних".

Селаковић:
Неће се Невски љутити што пишем уместо њега, али са њиме сам о томе причао пре пар дана - и он има јединствених 12 и "јужњак" је, значи слично као Синиша.

Синиша Јерковић:

--- Цитат: Селаковић Фебруар 27, 2017, 03:33:42 поподне ---Хвала, Синиша! Баш ме тај податак интересовао.

Има ли неког објашњења о овим "мање" и "више" поузданим СНП-овима?

--- Крај цитата ---

Ово је неки одговор са FAQ странице YFull-a

Q: How does YFull determine the quality ratings for my Known and Novel SNPs?

A: The raw data from your sample contains the values of the positions that are read as well as information about the number and the quality of the readings of these positions. Based on its consideration and analysis of the raw data readings from a significant number of raw data samples, YFull developed its proprietary SNP rating system.

With respect to Known SNPs, the YFull quality ratings are expressed as a star rating system, where 5 stars reflects YFull's highest confidence in the quality of a SNP and 1 star its lowest level of confidence. SNPs with 2, 3, 4 and 5 stars are deemed to be of good quality, and SNPs with only 1 star of low quality. As the number of stars increases so also does YFull's confidence level. The star rating system for Known SNPs is used in the YFull "Hg and SNPs" pages, and in the "Check SNPs" tool.

With respect to Novel SNPs, the YFull quality ratings are expressed as Best, Acceptable, Ambiguous and Low.

If you submitted another sample to YFull (for example, the raw data from a testing company different from the one you used for your first sample), the application of the YFull rating system to the new sample could result in different quality ratings for the Novel SNPs.

Синиша Јерковић:
Мада искрено, у горњем одговору није дато суштински одговор на питање које те интересује, а интересује и мене.

Знам да су неки СНП-ови већ од раније препознати као непоуздани, да се појављују у више различитих хаплогрупа и да нису употребљиви за издвајање нових грана. Колико видим подаци о таквим СНП-овима се међусобно размјењују. Постоји нека врста базе на ISOGG која је плод рада многих стручњака.

Што се нових СНП-ова тиче, мислим да нема неког посебног правила у одређивању који је СНП валидан, а који није , већ да се то чини упоређивањем резултата више тестираних и да се онда изводе закључци. Управо зато, понекад се јављају и грешке, али су те грешке мањег обима у односу на оне код СТР-а.

Ово је неко моје размишљање, не тврдим да је исправно.

Селаковић:

--- Цитат: Синиша Јерковић Фебруар 27, 2017, 03:53:33 поподне ---Мада искрено, у горњем одговору није дато суштински одговор на питање које те интересује, а интересује и мене.

Знам да су неки СНП-ови већ од раније препознати као непоуздани, да се појављују у више различитих хаплогрупа и да нису употребљиви за издвајање нових грана. Колико видим подаци о таквим СНП-овима се међусобно размјењују. Постоји нека врста базе на ISOGG која је плод рада многих стручњака.

Што се нових СНП-ова тиче, мислим да нема неког посебног правила у одређивању који је СНП валидан, а који није , већ да се то чини упоређивањем резултата више тестираних и да се онда изводе закључци. Управо зато, понекад се јављају и грешке, али су те грешке мањег обима у односу на оне код СТР-а.

Ово је неко моје размишљање, не тврдим да је исправно.

--- Крај цитата ---

Пробаћу да видим по радовима. Чини ми се да има тих променљивијих делова хромозома и променљивијих врста СНП-ова, тј. парчића који су склонији мутацији. Самим тим, неке од тих мутација би могле бити присутне у неким нашим ћелијама, док у другима не, што резултује слабијим очитавањем и поузданошћу (??), али то би онда било индивидуално од човека до човека, а не преносиво са оца на сина.. Можда је просто технологија таква да за нека очитавања добије слабији сигнал, па онда то сматра непоузданим, а то опет има везе са делом хромозома који се анализира и неким структурним и просторним карактеристикама у том делу.

Иначе, код тебе је испало по један поуздан СНП на 160 година, слично и код Невског. Код Млађе исто ту негде. Ако узмемо да има још неких СНП-ова који се "не виде" Великим Ипсилоном, већ само очитавањем целог хромозома, онда дакле можемо рачунати на један СНП у 100 година у просеку. Мање више могло би се, уз довољно милиона тестираних, доћи до СНП-дефинисане гране сваког нашег деде-прадеде-чукундеде или грешим негде?

Навигација