Аутор Тема: Dante Labs  (Прочитано 102383 пута)

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Dante Labs
« Одговор #720 послато: Новембар 21, 2022, 10:28:30 поподне »
Поново је актуелан попуст, тест је 199 евра.

Поручио сам у четвртак, данас већ стигао преко DHL-a (али није ме нашао њихов курир, нисам био у стану, па смо се договорили да донесе сутра пре подне). Дакле није било проблема са царином.

Ван мреже Сегфаулт

  • Гост
  • *
  • Поруке: 5
Одг: Dante Labs
« Одговор #721 послато: Новембар 23, 2022, 08:59:34 поподне »
Пуно поздрава свима на форуму, моја прва порука.

Наручио сам WGS тест код Dante Labs (за €199) и чекам да стигне.

Очекујем да се ради о малом апарату за узимање узорка крви.

Требало би да сам Озринић, Цаушевић из Марковине.

Моје познавање генетике, гена, маркера и слично је минимално. Зато имам питање у вези резултата.
Колико разумем, Dante Labs дозвољава скидање резултата у више формата: BAM, VCF, FASTQ, ...
Која би била добра стратегија, с обзиром на ограничења, која постављају апликације на Интернету,
у погледу формата које подржавају?

На почетку (22-04-2019) сам видео интервју у коме је речено да ће Dante Labs ускладити резултате
са BAM hg38. Да ли неко зна какво је стање сада? Пошто видим да сад имају посебну опцију која
кошта €29 за конверзију (Alignment to GRCh38) изгледа да се то није десило.

Претпостављам да ће онда подаци, које могу скинути, бити hg19, што је колико разумем повољније за
аутосомалне анализе, па није згорег имати ту опцију.

Пошто користим Linux, не бих се плашио командне линије, да сам урадим конверзију на hg38, ако је то
могуће. Већ сам погледао разне алате на Интернету, не би ми био проблем да их користим (samtools,
sambamba, picard, bedtools, crossmap, liftoverTools, ...). Има ли на форуму нека сродна душа, да ми
мало помогне да почнем?

Све ово ће постати актуелно, тек кад одрадим тест и добијем резултате, али бих хтео да искористим
време до тада, да се мало припремим.

Ван мреже Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Dante Labs
« Одговор #722 послато: Новембар 23, 2022, 09:36:33 поподне »
Пуно поздрава свима на форуму, моја прва порука.

Наручио сам WGS тест код Dante Labs (за €199) и чекам да стигне.

Очекујем да се ради о малом апарату за узимање узорка крви.

Требало би да сам Озринић, Цаушевић из Марковине.

Моје познавање генетике, гена, маркера и слично је минимално. Зато имам питање у вези резултата.
Колико разумем, Dante Labs дозвољава скидање резултата у више формата: BAM, VCF, FASTQ, ...
Која би била добра стратегија, с обзиром на ограничења, која постављају апликације на Интернету,
у погледу формата које подржавају?

На почетку (22-04-2019) сам видео интервју у коме је речено да ће Dante Labs ускладити резултате
са BAM hg38. Да ли неко зна какво је стање сада? Пошто видим да сад имају посебну опцију која
кошта €29 за конверзију (Alignment to GRCh38) изгледа да се то није десило.

Претпостављам да ће онда подаци, које могу скинути, бити hg19, што је колико разумем повољније за
аутосомалне анализе, па није згорег имати ту опцију.

Пошто користим Linux, не бих се плашио командне линије, да сам урадим конверзију на hg38, ако је то
могуће. Већ сам погледао разне алате на Интернету, не би ми био проблем да их користим (samtools,
sambamba, picard, bedtools, crossmap, liftoverTools, ...). Има ли на форуму нека сродна душа, да ми
мало помогне да почнем?

Све ово ће постати актуелно, тек кад одрадим тест и добијем резултате, али бих хтео да искористим
време до тада, да се мало припремим.
Небо Сав ти је Озринић, надам се да ће те се организовати.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Dante Labs
« Одговор #723 послато: Новембар 23, 2022, 09:44:34 поподне »
Пуно поздрава свима на форуму, моја прва порука.

Наручио сам WGS тест код Dante Labs (за €199) и чекам да стигне.

Очекујем да се ради о малом апарату за узимање узорка крви.

Требало би да сам Озринић, Цаушевић из Марковине.

Моје познавање генетике, гена, маркера и слично је минимално. Зато имам питање у вези резултата.
Колико разумем, Dante Labs дозвољава скидање резултата у више формата: BAM, VCF, FASTQ, ...
Која би била добра стратегија, с обзиром на ограничења, која постављају апликације на Интернету,
у погледу формата које подржавају?

На почетку (22-04-2019) сам видео интервју у коме је речено да ће Dante Labs ускладити резултате
са BAM hg38. Да ли неко зна какво је стање сада? Пошто видим да сад имају посебну опцију која
кошта €29 за конверзију (Alignment to GRCh38) изгледа да се то није десило.

Претпостављам да ће онда подаци, које могу скинути, бити hg19, што је колико разумем повољније за
аутосомалне анализе, па није згорег имати ту опцију.

Пошто користим Linux, не бих се плашио командне линије, да сам урадим конверзију на hg38, ако је то
могуће. Већ сам погледао разне алате на Интернету, не би ми био проблем да их користим (samtools,
sambamba, picard, bedtools, crossmap, liftoverTools, ...). Има ли на форуму нека сродна душа, да ми
мало помогне да почнем?

Све ово ће постати актуелно, тек кад одрадим тест и добијем резултате, али бих хтео да искористим
време до тада, да се мало припремим.

Честитам, WGS је најбољи и ефективно и најповољнији тест, ако већ истражујете порекло.

Сирова очитавања код лабораторије Dante Labs су поравната по Hg19 референтном геному, што је згодно за извлачење аутозомалних фајлова. Теоретски гледано, новији референти геном (GRCh38/Hg38) има нешто веће покривање Y хромозома по "дужини". Међутим, то не значи да ће YFull сигурно открити неки више SNP у односу на Hg19 BAM.

Nebula Genomics са друге стране испоручује GRCh38 BAM али онда не можете да извучете аутозомалне фајлове, осим ако прво не поравнате сирова очитавања са старијим референтним геномом, тако да генерално додатно поравнање вам "не гине" ако хоћете да у потпуности искористите потенцијал WGS теста.

Поравнање може да вам одради сама лабораторија (Dante Labs), може и YSEQ чак и за нешто мању цену (25 EUR), а можете и сами да то одрадите биоинформатичким алатима, треба само да скинете сирова, непоравната FASTQ очитавања.

Поравнање можете да одрадите из командне линије, али је најсигурније да користите неки аутоматизовани GUI алат, нпр. WGS Extract (скините верзију 4.41).

Међутим, ако планирате да сами радите поравнање, имајте у виду да је то нешто најзахтевније чиме можете да упослите свој рачунар. Препоручљиво је да имате снажан процесор са што више језгара, барем 32GB RAM меморије и брз SSD диск са ~200GB слободног простора. Чак и на рачунару најновије генерације, процес поравнавања ће трајати преко 24 сата, а на старијим рачунарима и 2-3 дана, а за то време ће сви ресурси рачунара бити на 100% (оптерећење процесора, искоришћење меморије, уписивање и читање диска). Машина ће вам бити практично неупотребљива за било шта друго док траје поравнавање :)

Ван мреже Небо_Сав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I-Y3120>I-PH908>I-BY93199
Одг: Dante Labs
« Одговор #724 послато: Новембар 24, 2022, 12:01:29 пре подне »
Пуно поздрава свима на форуму, моја прва порука.

Наручио сам WGS тест код Dante Labs (за €199) и чекам да стигне.

Очекујем да се ради о малом апарату за узимање узорка крви.

Требало би да сам Озринић, Цаушевић из Марковине.

Моје познавање генетике, гена, маркера и слично је минимално. Зато имам питање у вези резултата.
Колико разумем, Dante Labs дозвољава скидање резултата у више формата: BAM, VCF, FASTQ, ...
Која би била добра стратегија, с обзиром на ограничења, која постављају апликације на Интернету,
у погледу формата које подржавају?

На почетку (22-04-2019) сам видео интервју у коме је речено да ће Dante Labs ускладити резултате
са BAM hg38. Да ли неко зна какво је стање сада? Пошто видим да сад имају посебну опцију која
кошта €29 за конверзију (Alignment to GRCh38) изгледа да се то није десило.

Претпостављам да ће онда подаци, које могу скинути, бити hg19, што је колико разумем повољније за
аутосомалне анализе, па није згорег имати ту опцију.

Пошто користим Linux, не бих се плашио командне линије, да сам урадим конверзију на hg38, ако је то
могуће. Већ сам погледао разне алате на Интернету, не би ми био проблем да их користим (samtools,
sambamba, picard, bedtools, crossmap, liftoverTools, ...). Има ли на форуму нека сродна душа, да ми
мало помогне да почнем?

Све ово ће постати актуелно, тек кад одрадим тест и добијем резултате, али бих хтео да искористим
време до тада, да се мало припремим.

Добродошао на сајт, чекамо са нестрпљењем резултате. Ви из Марковине би нам легли као кец на десетку.
 У међувремену, можеш се припремити и читањем теме на форуму посвећене роду Озринића.
Поздрав,
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=165.msg179262#msg179262

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #725 послато: Новембар 25, 2022, 06:43:25 поподне »
Изгледа да је ова цена од 199€ коначна, што се попуста тиче. Писао сам данас многима, али ми није одговорено. Сидни са којом сам имао раније комуникацију више изгледа не ради или је на боловању још од 5. септембра.


Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Dante Labs
« Одговор #726 послато: Децембар 13, 2022, 07:01:24 поподне »
Dante Labs у понуди сада има "hi-fi" WGS тест. Нова ера је почела... :)

https://dantelabs.com/products/pacbio-whole-genome-sequencing-hifi-sequencing-long-reads

Укратко, код овог теста уместо стандардних 150 базних парова, очитава се 20.000 - 25.000 базних парова одједном, што значи и значајно поузданије поравнавање са референтним геномом:

https://www.pacb.com/wp-content/uploads/Application-Brochure-HiFi-Reads-for-Highly-Accurate-Long-read-Sequencing.pdf

Тест је наравно тренутно прескуп, али наредних година ће сигурно постати приступачнији.


Ван мреже Platin

  • Одбор за архивистику
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 981
Одг: Dante Labs
« Одговор #727 послато: Децембар 13, 2022, 08:25:11 поподне »
Цене свих "старих" ствари ће морати да падну... Радујемо се ;D

На мрежи НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8478
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Dante Labs
« Одговор #728 послато: Децембар 21, 2022, 12:57:02 пре подне »
Поново је "на снази" попуст код Дантеа. WGS тест може да се узме по цени од 199 евра. Не знам до ког датума ће попуст трајати...
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Сегфаулт

  • Гост
  • *
  • Поруке: 5
Одг: Dante Labs
« Одговор #729 послато: Јануар 14, 2023, 11:15:18 пре подне »
Недавно сам добио поруку да је попуст истекао, али малопре је стигла нова порука, да попуст још увек важи до сутра, уз код "ONLYFORME199"

На мрежи НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8478
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Dante Labs
« Одговор #730 послато: Јануар 21, 2023, 09:05:58 поподне »
Пре неки дан је Данте поново смањио цену свог теста целог генома на 199 евра, па ко воли нек изволи. Нису написали до када им траје овај попуст.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Неродимац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 627
Одг: Dante Labs
« Одговор #731 послато: Фебруар 02, 2023, 06:37:40 поподне »
Дописивао сам се са извесном Саром из Dabtea пошто ми је један њихов пакет није стигао још од децембра, па сам јој споменуо да сам члан Српског ДНК пројкета, њен одговор ћу дати у целости. Можда бих могли са њима да ступимо у контакт јер генетално доста наших људи се годишње тестира код њих и да пробамо да решимо проблем око слања и проблеме које имамо са нашом Царином. Успут ћу поразговарати данас са пријатељем из FED-ex пошто имам пакет да види да ли је законски и папиролошки могуће слати овакве узорке у инистрантсво пошто видимо да је само код нас проблем око слања. Добијате одговор од Саре сада а од FED-ex кад ми он одговори.

Dear Danilo,

Thanks for your reply.

I can see that the new package was delivered today, I hope everything worked out.

We are very familiar with your organisation and are grateful for trusting our services. If you are interested in ongoing cooperation as a business, we could put you in contact with our business account managers.

You can also have a look at our B2B website:
shop.dantegenomics.com

​Businesses are offered more options, although the prices, in general, can be a bit higher, especially considering the discount prices offered to individual customers.
​Looking forward to your feedback. Thanks.

Ван мреже Tracer

  • Гост
  • *
  • Поруке: 12
Одг: Dante Labs
« Одговор #732 послато: Фебруар 06, 2023, 04:45:49 поподне »
Пре недељу дана стигло ми је обавештење из лабораторије да су коначно примили мој узорак. Од тада је у статусу чекања на контролу квалитета. Да ли неко зна колико је потребно да се у просеку чека како би се сазнало да ли је узорак подобан за секвенцирање?

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 882
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Dante Labs
« Одговор #733 послато: Фебруар 06, 2023, 04:55:17 поподне »
Kako ne  :D Od trenutka kada ti jave da je uzorak kod njih do trenutka kada počinje sekvenciranje obično prođe 2 do 6 neđelja. Ako uzorak bude ok (ako je na krv uglavnom su svi ok, tako mi reče neka Sara tamo) onda kraja procesa treba jedno 3 neđelje. Tako je bilo kod mene i kod ljudi posle mene. Tako da računaj jedno +- 45 dana. Ume da pomogne ako im pošalješ mejl za jedno tri neđelje gde se kao brineš da li je sve ok  ;D Kada ti završe onda lepo uploaduješ BAM fajl na Yfull. Yfull je moj fajl obradio za 24 sata. Njima plaćaš tek kada te obrade i postave na tvoje mesto na stablu čovečanstva.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже Неродимац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 627
Одг: Dante Labs
« Одговор #734 послато: Фебруар 06, 2023, 05:03:25 поподне »
Не мора да значи јер све зависи како раде. Мом пријатељу је резултат био готов за 14 дана и мислим да је никоме није стигао тако брзо а има људи који су чекали и више од месец ипо дана. Битно је да је узорак тамо и да прође контеолу квалитета, сад разумем нестрпљивост али када си успео да пошаљеш то је била највећа мука 😀

Ван мреже Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Dante Labs
« Одговор #735 послато: Фебруар 06, 2023, 05:55:08 поподне »
Не могу да се снађем на сајту да видим пријатељу резултат хг, видим да је код њих фокус на здравственом билтену. Мора ли се скинути бам фајл или нешто друго?

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 882
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Dante Labs
« Одговор #736 послато: Фебруар 06, 2023, 06:10:18 поподне »
Не могу да се снађем на сајту да видим пријатељу резултат хг, видим да је код њих фокус на здравственом билтену. Мора ли се скинути бам фајл или нешто друго?

Mora BAM da se skine i prosledi na yfull. Može i bez skidanja fajla, samo se prilikom registracije ba yfull u komenaru stavi user name (ili mejl) i pasvord. Pa onda oni skidaju. Jer je Bam prilično veliki.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Dante Labs
« Одговор #737 послато: Фебруар 06, 2023, 06:12:49 поподне »
Mora BAM da se skine i prosledi na yfull. Može i bez skidanja fajla, samo se prilikom registracije ba yfull u komenaru stavi user name (ili mejl) i pasvord. Pa onda oni skidaju. Jer je Bam prilično veliki.
Значи ништа без yfulla, добро онда ћемо тако, та процедура ми је већ позната, хвала.

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 882
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Dante Labs
« Одговор #738 послато: Фебруар 06, 2023, 06:55:12 поподне »
Значи ништа без yfulla, добро онда ћемо тако, та процедура ми је већ позната, хвала.

Kontam da je i bolje tako. Mislim da bi gomila rezultata izostala na stablu da Dante da izveštaj o HG.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Dante Labs
« Одговор #739 послато: Фебруар 06, 2023, 06:57:53 поподне »
Kontam da je i bolje tako. Mislim da bi gomila rezultata izostala na stablu da Dante da izveštaj o HG.
Али има људи који не би да поделе своје резултате тако да је дискутабилно. Ја припадам овима који не би да крију било шта али нисмо сви исти.