Аутор Тема: YFull  (Прочитано 37869 пута)

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2523
  • I2-BY55783>BY79593
Одг: YFull
« Одговор #180 послато: Август 26, 2023, 07:00:55 поподне »
YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.

Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?

Не морате поново радити тест, али BAM фајл се не може пребацивати из једног референтног генома у други. Оно што вам је потребно са вашег налога су сирови непосложени подаци, тј. FASTQ фајлови (2 комада), који се затим требају поравнати у односу на нову Т2Т референтну секвенцу и тако ћете добити Т2Т BAM. Нисам сигуран да ли Dante тренутно има ту услугу у понуди, ако нема мораћете скинути та два гигантска фајла и проследити их на Т2Т поравнавање некој трећој страни која нуди ту услугу, па тек онда на YFull анализу.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5315
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: YFull
« Одговор #181 послато: Август 26, 2023, 08:16:39 поподне »
Не морате поново радити тест, али BAM фајл се не може пребацивати из једног референтног генома у други. Оно што вам је потребно са вашег налога су сирови непосложени подаци, тј. FASTQ фајлови (2 комада), који се затим требају поравнати у односу на нову Т2Т референтну секвенцу и тако ћете добити Т2Т BAM. Нисам сигуран да ли Dante тренутно има ту услугу у понуди, ако нема мораћете скинути та два гигантска фајла и проследити их на Т2Т поравнавање некој трећој страни која нуди ту услугу, па тек онда на YFull анализу.

Некако ипак може. Мени је YSEQ конвертовао hg19 у HG38, а да им нисам слао FASTQ датотеке. Само је питање да ли се у том случају извуку све информације као када се користи FASTQ.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: YFull
« Одговор #182 послато: Август 26, 2023, 08:51:11 поподне »
Evo jedan uzorak pod PH908 je vec u tom formatu:

YF122428 new   Serbia (Beograd)   I-A16863*   ——   T2T   .BAM   Nebula Genomics   13X, 45.0 Mbp, 150 bp
Догодине у Холштајну!

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: YFull
« Одговор #183 послато: Септембар 17, 2023, 09:45:14 поподне »
Poslao sam zahtev za upgrade na T2T. Uskoro ce i Skenderis. Trebalo bi da bude gotovo za nedelju dana.
Догодине у Холштајну!

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 965
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #184 послато: Септембар 18, 2023, 08:56:25 пре подне »
Poslao sam zahtev za upgrade na T2T. Uskoro ce i Skenderis. Trebalo bi da bude gotovo za nedelju dana.

Свака част, одлично! Било би добро када би макар по један тестирани из сваке од директних подграна испод I-PH908 урадио надградњу WGS резултата на T2T, верујем да би то прилично рашчистило ситуацију на стаблу, и да би се профилисале неке обједињујуће подгране између PH908 и тренутних чак 18 ( ! ) директних подграна.

Како сте поравнали сирова очитавања са T2T референтним геномом пре слања, користили сте комерцијалну услугу коју нуди Dante Labs?

https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t

За све који могу ово да приуште након тестирања, поравнање са T2T референтним геномом пре слања на YFull би било јако добро за убудуће.


Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 965
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #185 послато: Септембар 18, 2023, 09:13:05 пре подне »
Управо сам решио да доплатим поравнање на T2T код Dantea и надградњу на T2T код Yfull за тројицу I-PH908 тестираних чије резултате администрирам:

  • Димитријевић - Грковић (тренутно је I2a-PH908*)
  • Лазовић (I2a-PH908 > I-FT16449 > I-Y151633 > I-BY169079 > I-FT407280 > I-MF4021)
  • Јовашевић (I2a-PH908 > I-FT14506 > I-Y330253 > I-Y331025)






Ван мреже Небо_Сав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 630
  • I-Y3120>I-PH908>I-BY93199
Одг: YFull
« Одговор #186 послато: Септембар 18, 2023, 04:58:30 поподне »
Управо сам решио да доплатим поравнање на T2T код Dantea и надградњу на T2T код Yfull за тројицу I-PH908 тестираних чије резултате администрирам:

  • Димитријевић - Грковић (тренутно је I2a-PH908*)
  • Лазовић (I2a-PH908 > I-FT16449 > I-Y151633 > I-BY169079 > I-FT407280 > I-MF4021)
  • Јовашевић (I2a-PH908 > I-FT14506 > I-Y330253 > I-Y331025)
И ја сам заинтересован да обновим Т2Т резултате на YFULL-u, али имам дилему око процедуре:

наиме, не видим на сајту да ли Данте прихвата да ради поравнање на Т2Т само својим изворним клијентима или могу и ја са ФТДНА да то урадим  са својим фајловима (било BAM било FASTQ) код њих?  Ако сам добро разумео,  ФТДНА  од прошле године примењује Т2Т резултате у оквиру свог стабла, па се питам да ли би проста обнова FTDNA BAM фајла на YFULL-u, уз доплату за надградњу  на Т2Т била довољна, или треба урадити претходно поравнање на Т2Т код треће стране ( тј. да ли ДАНТЕ то "услужно"  :) ради), па тек онда обновити фајл на  YFULL-u?

И да честитам унапређење у   Gruppenführer Project Administrator FTDNA  :)

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 965
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #187 послато: Септембар 18, 2023, 06:00:08 поподне »
И ја сам заинтересован да обновим Т2Т резултате на YFULL-u, али имам дилему око процедуре:

наиме, не видим на сајту да ли Данте прихвата да ради поравнање на Т2Т само својим изворним клијентима или могу и ја са ФТДНА да то урадим  са својим фајловима (било BAM било FASTQ) код њих?  Ако сам добро разумео,  ФТДНА  од прошле године примењује Т2Т резултате у оквиру свог стабла, па се питам да ли би проста обнова FTDNA BAM фајла на YFULL-u, уз доплату за надградњу  на Т2Т била довољна, или треба урадити претходно поравнање на Т2Т код треће стране ( тј. да ли ДАНТЕ то "услужно"  :) ради), па тек онда обновити фајл на  YFULL-u?

И да честитам унапређење у   Gruppenführer Project Administrator FTDNA  :)

Не знам да ли Dante Labs ради услужно поравнање за резултате других компанија. YSEQ је имао ту врсту услуге за било чије FASTQ фајлове, али нешто не могу да нађем сада ту услугу на њиховом сајту (могуће да су привремено склонили, јер је јако захтевна по питању рачунарских ресурса - вероватно су претрпани захтевима, T2T је сада "hype" што би рекли Енглези).

Међутим, у твом случају, мишљења сам да поравнање на T2T нема смисла радити. Као што и Big Y-700 whitepaper наводи, ово није WGS већ NGS тест, који у старту не циља цео Y хромозом, већ се пре самог секвенцирања "аплификују" циљани делови Y хромозома, релевантни за генеалогију:



Другим речима, мислим да је практично немогуће да поравнање Big Y-700 резултата на T2T извуче неки SNP који Big Y-700 већ није ухватио.

Чак и код људи који су урадили WGS тест, T2T поравнање неће суштински променити слику стабла гранања људских лоза у односу на ово садашње стабло конструисано на основу Big Y-500, Big Y-700 или WGS тестова (нико неће испасти другачија хаплогрупа него што је сада). Заправо, мислим да је све што се може десити:

1) Да се појаве неки нови обједињујући снипови, који ће здружити одређене подгране на до сада невидљивом међу-нивоу (јер је обједињујући SNP немапиран у GRCh37/GRCh38 референтним геномима)
2) Може испливати још покоја приватну варијанта (новел)

Другим речима, T2T има потенцијал да покаже "раскошније" стабло, са више детаља. Показаће се гранања мушких лоза, у "већој резолуцији", односно видеће се више међу-нивоа између хаплогрупа, што је рецимо насушно потребно код I2-PH908, где има 18 подграна директно испод I-PH908.

Углавном, да се вратимо на FTDNA... По мом мишљењу то је убедљиво, без икаквог премца, најозбиљнија и најпрофесионалнија фирма у домену патрилинеалне генеалогије и сигурно су свесни да су неконкурентни и ценом и технолошки у поређењу са комбинацијом WGS + YFull.

Имам осећај да ће ускоро понудити WGS тест са T2T поравнањем (Big Y-1000?), обзиром да већ експериментишу са T2T тестовима на свом стаблу. Надам се само да ће сви који имају сачуван узорак код њих моћи уз неку разумну накнаду да га надограде на WGS T2T тест.

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: YFull
« Одговор #188 послато: Септембар 18, 2023, 06:11:25 поподне »
Не знам да ли Dante Labs ради услужно поравнање за резултате других компанија. YSEQ је имао ту врсту услуге за било чије FASTQ фајлове, али нешто не могу да нађем сада ту услугу на њиховом сајту (могуће да су привремено склонили, јер је јако захтевна по питању рачунарских ресурса - вероватно су претрпани захтевима, T2T је сада "hype" што би рекли Енглези).

Међутим, у твом случају, мишљења сам да поравнање на T2T нема смисла радити. Као што и Big Y-700 whitepaper наводи, ово није WGS већ NGS тест, који у старту не циља цео Y хромозом, већ се пре самог секвенцирања "аплификују" циљани делови Y хромозома, релевантни за генеалогију:



Другим речима, мислим да је практично немогуће да поравнање Big Y-700 резултата на T2T извуче неки SNP који Big Y-700 већ није ухватио.

Чак и код људи који су урадили WGS тест, T2T поравнање неће суштински променити слику стабла гранања људских лоза у односу на ово садашње стабло конструисано на основу Big Y-500, Big Y-700 или WGS тестова (нико неће испасти другачија хаплогрупа него што је сада). Заправо, мислим да је све што се може десити:

1) Да се појаве неки нови обједињујући снипови, који ће здружити одређене подгране на до сада невидљивом међу-нивоу (јер је обједињујући SNP немапиран у GRCh37/GRCh38 референтним геномима)
2) Може испливати још покоја приватну варијанта (новел)

Другим речима, T2T има потенцијал да покаже "раскошније" стабло, са више детаља. Показаће се гранања мушких лоза, у "већој резолуцији", односно видеће се више међу-нивоа између хаплогрупа, што је рецимо насушно потребно код I2-PH908, где има 18 подграна директно испод I-PH908.

Углавном, да се вратимо на FTDNA... По мом мишљењу то је убедљиво, без икаквог премца, најозбиљнија и најпрофесионалнија фирма у домену патрилинеалне генеалогије и сигурно су свесни да су неконкурентни и ценом и технолошки у поређењу са комбинацијом WGS + YFull.

Имам осећај да ће ускоро понудити WGS тест са T2T поравнањем (Big Y-1000?), обзиром да већ експериментишу са T2T тестовима на свом стаблу. Надам се само да ће сви који имају сачуван узорак код њих моћи уз неку разумну накнаду да га надограде на WGS T2T тест.
Половично тачно, нашли су ми један снип одличног квалитета на нивоу FT25902 и један приватни одличног квалитета на нивоу ФТ176119, ја и Видовић, тако да ако Видовић буде негативан онда ће процена старости порасти. А мислим да су Војнићу нашли и више него мени тако да ће до промена сигурно доћи.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 965
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #189 послато: Септембар 18, 2023, 06:18:19 поподне »
Половично тачно, нашли су ми један снип одличног квалитета на нивоу FT25902 и један приватни одличног квалитета на нивоу ФТ176119, ја и Видовић, тако да ако Видовић буде негативан онда ће процена старости порасти. А мислим да су Војнићу нашли и више него мени тако да ће до промена сигурно доћи.

Из Big Y-700 резултата нађени толики нови снипови?! Хмм, морам признати да сам врло изненађен. Како сте иначе поравнали своје Big Y-700 BAM фајлове са T2T референтним геномом?

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: YFull
« Одговор #190 послато: Септембар 18, 2023, 06:21:34 поподне »
Из Big Y-700 резултата нађени толики нови снипови?! Хмм, морам признати да сам врло изненађен. Како сте иначе поравнали своје Big Y-700 BAM фајлове са T2T референтним геномом?
Поравно их је Yfull само сам проследио линк и платио услугу. Можете да видите на грани да је извучен са Т2Т.https://www.yfull.com/live/tree/I-A20333/

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 965
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #191 послато: Септембар 18, 2023, 06:43:12 поподне »
Поравно их је Yfull само сам проследио линк и платио услугу. Можете да видите на грани да је извучен са Т2Т.https://www.yfull.com/live/tree/I-A20333/

Да, да, гледам управо... Хвала на корисним информацијама, из личног искуства!

Очигледно су BAM фајлови ипак садржавали и солидан број GRCh38 немапираних сирових очитавања која су уваћена чак и из неамплификованог дела Y хромозома. По "растурању" BAM фајла од стране YFull па поновног мапирања по T2T овог пута су "легли на своје место" и могли да буду идентификовани.

Врло интересантно, углавном читам другачија искуства на нету (ни један новооткривени SNP) чак и из WGS резултата.

Не знам шта бих рекао, заиста 20-ак EUR није тако страшна доплата на YFull за T2T поравнање чак и за Big Y тест, ако постоји шанса да и ту исплива неки нови SNP.




На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: YFull
« Одговор #192 послато: Септембар 18, 2023, 06:50:22 поподне »
Да, да, гледам управо... Хвала на корисним информацијама, из личног искуства!

Очигледно су BAM фајлови ипак садржавали и солидан број GRCh38 немапираних сирових очитавања која су уваћена чак и из неамплификованог дела Y хромозома. По "растурању" BAM фајла од стране YFull па поновног мапирања по T2T овог пута су "легли на своје место" и могли да буду идентификовани.

Врло интересантно, углавном читам другачија искуства на нету (ни један новооткривени SNP) чак и из WGS резултата.

Не знам шта бих рекао, заиста 20-ак EUR није тако страшна доплата на YFull за T2T поравнање чак и за Big Y тест, ако постоји шанса да и ту исплива неки нови SNP.
Нема на чему, сад ме само мучи питање да ли ово спада у коначне анализе или ће бити још овога, ипак су ово комерцијалне компаније. И да, цена заиста није висока за ваљану информацију.

Ван мреже Небо_Сав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 630
  • I-Y3120>I-PH908>I-BY93199
Одг: YFull
« Одговор #193 послато: Септембар 18, 2023, 07:44:41 поподне »
Управо сам приступио налозима на YFULLu, заиста нуде обнову са Hg38 -> T2T. Ајд' да платим, па шта бидне..

Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #194 послато: Октобар 02, 2023, 05:52:37 пре подне »
YF123751 на https://www.yfull.com/live/tree/F/
YF123728 и YF123720 на https://www.yfull.com/live/tree/IJK/
YF123732 на https://www.yfull.com/live/tree/K2b/
Анализа још траје, па вероватно неће остати на тим позицијама.

Да поменем и YF123208 на https://www.yfull.com/live/tree/J-S8230*/ .

На мрежи Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 915
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: YFull
« Одговор #195 послато: Октобар 02, 2023, 01:46:04 поподне »
Oвај последњи је један са нашег форума. И што рече један паметан човек из J-Y230579, ово битно компликује ствари  ;D ,јер није ни у групи са Пјешивцима и Цуцама нити са оним старим узорком из Трогира (фтДНА) већ је потпуно нова грана.
« Последња измена: Октобар 02, 2023, 02:11:51 поподне НиколаВук »
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: YFull
« Одговор #196 послато: Октобар 04, 2023, 02:42:10 поподне »
Y514805 level I-PH908 <-> I-S17250 new

Изволите браћо, од мене нови снп  ;D

4 звездице!

Готов ми је т2т апгрејд.
Догодине у Холштајну!

На мрежи Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 915
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: YFull
« Одговор #197 послато: Октобар 04, 2023, 03:00:06 поподне »
Колико си чекао на апгрејд
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: YFull
« Одговор #198 послато: Октобар 04, 2023, 03:08:52 поподне »
Две недеље. Плаћа се на крају 25 евра.

Tomas Kopsa са YFull групе на фејсбуку ми је урадио конверзију бам фајла. Њега сам частио 20 евра за труд. Препоручујем вам да ступите у контакт са њим ако планирате овај апгрејд, јер је човек стручан и радо ће помоћи.
Догодине у Холштајну!

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: YFull
« Одговор #199 послато: Октобар 04, 2023, 03:33:02 поподне »
Y514805 level I-PH908 <-> I-S17250 new

Изволите браћо, од мене нови снп  ;D

4 звездице!

Готов ми је т2т апгрејд.
Онда је овај снип испод нивоа PH908 јер га нису мени очитали.