Аутор Тема: Dante Labs  (Прочитано 75146 пута)

На мрежи Драган Обреновић

  • Редакција СДНКП
  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 723
  • R1b-U152>FTA42008
Одг: Dante Labs
« Одговор #720 послато: Новембар 21, 2022, 10:28:30 поподне »
Поново је актуелан попуст, тест је 199 евра.

Поручио сам у четвртак, данас већ стигао преко DHL-a (али није ме нашао њихов курир, нисам био у стану, па смо се договорили да донесе сутра пре подне). Дакле није било проблема са царином.

Ван мреже Сегфаулт

  • Гост
  • *
  • Поруке: 5
Одг: Dante Labs
« Одговор #721 послато: Новембар 23, 2022, 08:59:34 поподне »
Пуно поздрава свима на форуму, моја прва порука.

Наручио сам WGS тест код Dante Labs (за €199) и чекам да стигне.

Очекујем да се ради о малом апарату за узимање узорка крви.

Требало би да сам Озринић, Цаушевић из Марковине.

Моје познавање генетике, гена, маркера и слично је минимално. Зато имам питање у вези резултата.
Колико разумем, Dante Labs дозвољава скидање резултата у више формата: BAM, VCF, FASTQ, ...
Која би била добра стратегија, с обзиром на ограничења, која постављају апликације на Интернету,
у погледу формата које подржавају?

На почетку (22-04-2019) сам видео интервју у коме је речено да ће Dante Labs ускладити резултате
са BAM hg38. Да ли неко зна какво је стање сада? Пошто видим да сад имају посебну опцију која
кошта €29 за конверзију (Alignment to GRCh38) изгледа да се то није десило.

Претпостављам да ће онда подаци, које могу скинути, бити hg19, што је колико разумем повољније за
аутосомалне анализе, па није згорег имати ту опцију.

Пошто користим Linux, не бих се плашио командне линије, да сам урадим конверзију на hg38, ако је то
могуће. Већ сам погледао разне алате на Интернету, не би ми био проблем да их користим (samtools,
sambamba, picard, bedtools, crossmap, liftoverTools, ...). Има ли на форуму нека сродна душа, да ми
мало помогне да почнем?

Све ово ће постати актуелно, тек кад одрадим тест и добијем резултате, али бих хтео да искористим
време до тада, да се мало припремим.

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1853
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Dante Labs
« Одговор #722 послато: Новембар 23, 2022, 09:36:33 поподне »
Пуно поздрава свима на форуму, моја прва порука.

Наручио сам WGS тест код Dante Labs (за €199) и чекам да стигне.

Очекујем да се ради о малом апарату за узимање узорка крви.

Требало би да сам Озринић, Цаушевић из Марковине.

Моје познавање генетике, гена, маркера и слично је минимално. Зато имам питање у вези резултата.
Колико разумем, Dante Labs дозвољава скидање резултата у више формата: BAM, VCF, FASTQ, ...
Која би била добра стратегија, с обзиром на ограничења, која постављају апликације на Интернету,
у погледу формата које подржавају?

На почетку (22-04-2019) сам видео интервју у коме је речено да ће Dante Labs ускладити резултате
са BAM hg38. Да ли неко зна какво је стање сада? Пошто видим да сад имају посебну опцију која
кошта €29 за конверзију (Alignment to GRCh38) изгледа да се то није десило.

Претпостављам да ће онда подаци, које могу скинути, бити hg19, што је колико разумем повољније за
аутосомалне анализе, па није згорег имати ту опцију.

Пошто користим Linux, не бих се плашио командне линије, да сам урадим конверзију на hg38, ако је то
могуће. Већ сам погледао разне алате на Интернету, не би ми био проблем да их користим (samtools,
sambamba, picard, bedtools, crossmap, liftoverTools, ...). Има ли на форуму нека сродна душа, да ми
мало помогне да почнем?

Све ово ће постати актуелно, тек кад одрадим тест и добијем резултате, али бих хтео да искористим
време до тада, да се мало припремим.
Небо Сав ти је Озринић, надам се да ће те се организовати.

На мрежи Драган Обреновић

  • Редакција СДНКП
  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 723
  • R1b-U152>FTA42008
Одг: Dante Labs
« Одговор #723 послато: Новембар 23, 2022, 09:44:34 поподне »
Пуно поздрава свима на форуму, моја прва порука.

Наручио сам WGS тест код Dante Labs (за €199) и чекам да стигне.

Очекујем да се ради о малом апарату за узимање узорка крви.

Требало би да сам Озринић, Цаушевић из Марковине.

Моје познавање генетике, гена, маркера и слично је минимално. Зато имам питање у вези резултата.
Колико разумем, Dante Labs дозвољава скидање резултата у више формата: BAM, VCF, FASTQ, ...
Која би била добра стратегија, с обзиром на ограничења, која постављају апликације на Интернету,
у погледу формата које подржавају?

На почетку (22-04-2019) сам видео интервју у коме је речено да ће Dante Labs ускладити резултате
са BAM hg38. Да ли неко зна какво је стање сада? Пошто видим да сад имају посебну опцију која
кошта €29 за конверзију (Alignment to GRCh38) изгледа да се то није десило.

Претпостављам да ће онда подаци, које могу скинути, бити hg19, што је колико разумем повољније за
аутосомалне анализе, па није згорег имати ту опцију.

Пошто користим Linux, не бих се плашио командне линије, да сам урадим конверзију на hg38, ако је то
могуће. Већ сам погледао разне алате на Интернету, не би ми био проблем да их користим (samtools,
sambamba, picard, bedtools, crossmap, liftoverTools, ...). Има ли на форуму нека сродна душа, да ми
мало помогне да почнем?

Све ово ће постати актуелно, тек кад одрадим тест и добијем резултате, али бих хтео да искористим
време до тада, да се мало припремим.

Честитам, WGS је најбољи и ефективно и најповољнији тест, ако већ истражујете порекло.

Сирова очитавања код лабораторије Dante Labs су поравната по Hg19 референтном геному, што је згодно за извлачење аутозомалних фајлова. Теоретски гледано, новији референти геном (GRCh38/Hg38) има нешто веће покривање Y хромозома по "дужини". Међутим, то не значи да ће YFull сигурно открити неки више SNP у односу на Hg19 BAM.

Nebula Genomics са друге стране испоручује GRCh38 BAM али онда не можете да извучете аутозомалне фајлове, осим ако прво не поравнате сирова очитавања са старијим референтним геномом, тако да генерално додатно поравнање вам "не гине" ако хоћете да у потпуности искористите потенцијал WGS теста.

Поравнање може да вам одради сама лабораторија (Dante Labs), може и YSEQ чак и за нешто мању цену (25 EUR), а можете и сами да то одрадите биоинформатичким алатима, треба само да скинете сирова, непоравната FASTQ очитавања.

Поравнање можете да одрадите из командне линије, али је најсигурније да користите неки аутоматизовани GUI алат, нпр. WGS Extract (скините верзију 4.41).

Међутим, ако планирате да сами радите поравнање, имајте у виду да је то нешто најзахтевније чиме можете да упослите свој рачунар. Препоручљиво је да имате снажан процесор са што више језгара, барем 32GB RAM меморије и брз SSD диск са ~200GB слободног простора. Чак и на рачунару најновије генерације, процес поравнавања ће трајати преко 24 сата, а на старијим рачунарима и 2-3 дана, а за то време ће сви ресурси рачунара бити на 100% (оптерећење процесора, искоришћење меморије, уписивање и читање диска). Машина ће вам бити практично неупотребљива за било шта друго док траје поравнавање :)

Ван мреже Небо_Сав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 483
Одг: Dante Labs
« Одговор #724 послато: Новембар 24, 2022, 12:01:29 пре подне »
Пуно поздрава свима на форуму, моја прва порука.

Наручио сам WGS тест код Dante Labs (за €199) и чекам да стигне.

Очекујем да се ради о малом апарату за узимање узорка крви.

Требало би да сам Озринић, Цаушевић из Марковине.

Моје познавање генетике, гена, маркера и слично је минимално. Зато имам питање у вези резултата.
Колико разумем, Dante Labs дозвољава скидање резултата у више формата: BAM, VCF, FASTQ, ...
Која би била добра стратегија, с обзиром на ограничења, која постављају апликације на Интернету,
у погледу формата које подржавају?

На почетку (22-04-2019) сам видео интервју у коме је речено да ће Dante Labs ускладити резултате
са BAM hg38. Да ли неко зна какво је стање сада? Пошто видим да сад имају посебну опцију која
кошта €29 за конверзију (Alignment to GRCh38) изгледа да се то није десило.

Претпостављам да ће онда подаци, које могу скинути, бити hg19, што је колико разумем повољније за
аутосомалне анализе, па није згорег имати ту опцију.

Пошто користим Linux, не бих се плашио командне линије, да сам урадим конверзију на hg38, ако је то
могуће. Већ сам погледао разне алате на Интернету, не би ми био проблем да их користим (samtools,
sambamba, picard, bedtools, crossmap, liftoverTools, ...). Има ли на форуму нека сродна душа, да ми
мало помогне да почнем?

Све ово ће постати актуелно, тек кад одрадим тест и добијем резултате, али бих хтео да искористим
време до тада, да се мало припремим.

Добродошао на сајт, чекамо са нестрпљењем резултате. Ви из Марковине би нам легли као кец на десетку.
 У међувремену, можеш се припремити и читањем теме на форуму посвећене роду Озринића.
Поздрав,
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=165.msg179262#msg179262
Грешка не престаје бити грешком тиме што је широко распрострањена!

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5283
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #725 послато: Новембар 25, 2022, 06:43:25 поподне »
Изгледа да је ова цена од 199€ коначна, што се попуста тиче. Писао сам данас многима, али ми није одговорено. Сидни са којом сам имао раније комуникацију више изгледа не ради или је на боловању још од 5. септембра.


На мрежи Драган Обреновић

  • Редакција СДНКП
  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 723
  • R1b-U152>FTA42008
Одг: Dante Labs
« Одговор #726 послато: Децембар 13, 2022, 07:01:24 поподне »
Dante Labs у понуди сада има "hi-fi" WGS тест. Нова ера је почела... :)

https://dantelabs.com/products/pacbio-whole-genome-sequencing-hifi-sequencing-long-reads

Укратко, код овог теста уместо стандардних 150 базних парова, очитава се 20.000 - 25.000 базних парова одједном, што значи и значајно поузданије поравнавање са референтним геномом:

https://www.pacb.com/wp-content/uploads/Application-Brochure-HiFi-Reads-for-Highly-Accurate-Long-read-Sequencing.pdf

Тест је наравно тренутно прескуп, али наредних година ће сигурно постати приступачнији.


Ван мреже Platin

  • Одбор за архивистику
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 923
Одг: Dante Labs
« Одговор #727 послато: Децембар 13, 2022, 08:25:11 поподне »
Цене свих "старих" ствари ће морати да падну... Радујемо се ;D

На мрежи НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 7850
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Dante Labs
« Одговор #728 послато: Децембар 21, 2022, 12:57:02 пре подне »
Поново је "на снази" попуст код Дантеа. WGS тест може да се узме по цени од 199 евра. Не знам до ког датума ће попуст трајати...
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Сегфаулт

  • Гост
  • *
  • Поруке: 5
Одг: Dante Labs
« Одговор #729 послато: Јануар 14, 2023, 11:15:18 пре подне »
Недавно сам добио поруку да је попуст истекао, али малопре је стигла нова порука, да попуст још увек важи до сутра, уз код "ONLYFORME199"

На мрежи НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 7850
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Dante Labs
« Одговор #730 послато: Јануар 21, 2023, 09:05:58 поподне »
Пре неки дан је Данте поново смањио цену свог теста целог генома на 199 евра, па ко воли нек изволи. Нису написали до када им траје овај попуст.
Чињеницама против самоувереног незнања.