Аутор Тема: Древна ДНК  (Прочитано 192262 пута)

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1135
Одг: Древна ДНК
« Одговор #60 послато: Јун 10, 2015, 10:04:39 поподне »
Штета што неће бити y-dnk за ова два узорка из Црне Горе, али надам се да ће Гедмеч уврстити аутосомалну днк у своју базу, ап ће се бар нека врста информације моћи извући. Не знам да ли Невски може да искористи ове податке за своје аутосомалне рачуначе...

На жалост, немам начина изчитати ФАСТКу и БАМ спремишта. Али не сумњам да ће се они врло брзо появити у читљивом облику. Вѣроватно ће многе од њих прѣрадити и поставити на мрежу Аустралиянац Феликс Чандракумар, као што уради са многими другими. Онда ћемо их лако срачунати, на разне начине.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Đorđo

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 775
  • shí shì qiú shì
Одг: Древна ДНК
« Одговор #61 послато: Јун 11, 2015, 08:41:32 пре подне »
Слика са уделима мушких и женских лоза по локалитетима



Упада у очи неочекивано огромна заступљеност Р мушких лоза на већини локалитета и одсуство старих европских лоза као што су И и Г. Е1б је нађена једино у Јерменији

Ван мреже Љиљан

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 318
Одг: Древна ДНК
« Одговор #62 послато: Јун 12, 2015, 01:22:29 поподне »
Neke od Y haplogrupa za nedavno objavljen rad 101 drevne dnk:
Id            Država          Kultura           HG
RISE512  Russia          Andronovo      R1a1a1b-S224/Z645
RISE566  Czech R.       Bell Beaker    R1b1a2a1a-P310/PF6546/S129
RISE560  Germany      Bell Beaker    R1b1a2-L150.1/PF6274.1/S351.1
RISE563  Germany      Bell Beaker    R1b1a2a1a2b-PF6570/S28/U152
RISE564  Germany      Bell Beaker    R1b1a2a1-L51/M412/PF6536/S167
RISE434  Germany      Corded Ware  P1
RISE436  Germany      Corded Ware  CT
RISE446  Germany     Corded Ware  R1a1a1-M417
RISE1       Poland       Corded Ware  CT
RISE431  Poland        Corded Ware  K(xLT)
RISE555  Russia        EBA                 R1b1a2a2-CTS7340/Z2107
RISE492  Russia        Iron Age         R1
RISE494  Russia        Karasuk          R1a1a1-Page7
RISE397  Armenia         LBA            R1b1a2a2-Y4371/Z8128
RISE408  Armenia         LBA             J
RISE598  Lithuania       LBA            BT
RISE553  Russia          LBA             P
RISE554  Russia          LBA             I?
RISE374  Hungary       Maros        G2a2a1a-PF6308
RISE413  Armenia         MBA          R1b1-M415/PF6251
RISE416  Armenia         MBA          DE
RISE423  Armenia         MBA          E1b1b1b2a1-PF2020/Z1153
RISE524  Russia         Meshovskaya  R1b1a2-PF6494
RISE525  Russia          Meshovskaya  R1a1a1-Page7
RISE21   Denmark         Nordic BA    ?
RISE47   Denmark         Nordic BA    R1b1a2-M520/PF6410
RISE175  Sweden          Nordic BA    I
RISE207  Sweden          Nordic BA    I1-M450/S109
RISE276  Denmark         Nordic LBA   R1b1a2-L265/PF6431
RISE42   Denmark         Nordic LN    CT
RISE179  Sweden          Nordic LN    I
RISE61   Denmark         Nordic MN B  R1a1a1-Page7
RISE546  Russia          Pit Grave    R1b1a2-PF6482/YSC0000203
RISE550  Russia          Pit Grave    R1b1a2(xL51)
RISE486  Italy           Remedello    I2a1a1a-L672/S327
RISE487  Italy           Remedello    I
RISE139  Poland          Unetice      ?
RISE247  Hungary         Vatya        I2a2a-L368
RISE254  Hungary         Vatya        I2a2a-L59

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13139
Одг: Древна ДНК
« Одговор #63 послато: Јун 13, 2015, 04:58:36 поподне »
Неки резултати су мање-више очекивани (R1a Corded Ware, R1b Bell Beaker, J2b Armenia).



CA, Copper Age; MN, Middle Neolithic; LN, Late Neolithic; EBA, Early Bronze Age; MBA, Middle Bronze Age; LBA, Late Bronze Age; IA, Iron Age; BAC, Battle Axe culture; CWC, Corded Ware culture












Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Древна ДНК
« Одговор #64 послато: Јун 14, 2015, 08:25:35 пре подне »
Заиста значајан рад који потврђује и неке раније налазе и поставке.

Могли би га слободно назвати Рад о ширењу Индоевропљана. Аутори сматрају да је обрада метала из области Јужног кавказа (јерменија) пренешена у област сјеверног Кавказа и даље у степу. Преносиоци су били први Индоевропљани. Ако посматрамо резултате то су могли бити припадници хаплогрупе Р1б, којих у бронзаном добу налазимо у Јерменији, што није случај са Р1а. Аутори сматрају да је Р1б који је остао у области јужно од Кавказа повезан са индоевропским Хетитима, а свакако и са каснијим Јерменима. Сјеверно од Кавказа, у степској зони настаје нова култура, Јамнаја. Јамнаја култура која је приказана на горњим картама је најоригиналнија и генетски најчистија Индоевропска култура, састављена и од припадника Р1а и Р1б хаплогрупе. Одатле је прво кренуло ширење на запад, у источну, централну и сјеверну Европу гдје је дошло до мјешања са популацијама неолитских земљорадника и ловаца сакупљача, па Кордед Варе култура садржи већ значајну примјесу у односу на Јамнају. Индоевропљани су се затим ширили и на исток. Аутосомални резултати показују јасну везу Јамнаја и Афанасјево културе, док Синташта култура из које ће касније проистећи Андроново култура (Индоиранска) показује везу са европским Кордед Варе културом. И Јамнаја и Синташта су се кретале источно ка Алтају, гдје су већ почели да се мјешају са источноазијским популацијама.Ово појашњава и постојање Тохарског индоевропског језика у источној Кини.

Занимљиво је у резултатима Y-днк да се хаплогрупа Ј2 појављује тек у узорцима из жељезног доба (у Јерменији се појављује чак грана Ј2б у жељезном, а у бронзаном добу у Јерменији је нема). Слично је и за жељезно доба у Русији и на Алтају гдје се појављује Ј2а хаплогрупа. Не знам како се ова појава Ј2 хаплогрупе у каснијем периоду може објаснити. Једино као каснија инфилтрација неког Ј2 слоја у индоевропску масу. Овај Ј2б налаз у Јерменији жељезног доба је колико знам први налаз Ј2б у древној днк. Такође треба видјети какво је то кретање у жељезном добу могло да избаци Ј2 хаплогрупу на површину.

Такође је интересантно да узорци из Ремедело културе у Италији и Бронзаног доба у Мађарској, као да нису били захваћени миграцијом Индоевропљана, јер и бронзаном добу задржавају добар дио претходне генетике неолитско-палеолитске иако у материјалној култури користе бронзу и све тековине нових технологија које су донијели Индоевропљани.

Оно што чуди јесте појава неког И2а у чисто индоевропској Јамнаја култури. Нажалост у раду не постоји табела са СНП-овима по узорцима. Видим само ово што је Љиљан окачио, али не знам који је извор.

У сваком случају надам се да ће се посложити сва ова новооткривена древна днк, јер има још материјала за анализу у овом раду.

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13139
Одг: Древна ДНК
« Одговор #65 послато: Јун 14, 2015, 12:25:09 поподне »
Population genomics of Bronze Age Eurasia

http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/full/nature14507.html


Into, out of, and across the Eurasian steppe (Dienekes' Anthropology blog)

http://dienekes.blogspot.de/2015/06/into-out-of-and-across-eurasian-steppe.html


Nomadic herders left a strong genetic mark on Europeans and Asians

http://news.sciencemag.org/archaeology/2015/06/nomadic-herders-left-strong-genetic-mark-europeans-and-asians

Маргита Војвотк. Бањанска

  • Гост
Одг: Древна ДНК
« Одговор #66 послато: Јун 14, 2015, 12:36:43 поподне »
Standing at the Gateway to Europe - The Genetic Structure of Western Balkan Populations Based on Autosomal and Haploid Markers Published: August 22, 2014- DOI: 10.1371/journal.pone.0105090

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0105090

Маргита Војвотк. Бањанска

  • Гост
Одг: Древна ДНК
« Одговор #67 послато: Јун 14, 2015, 02:41:28 поподне »
Није баш за тему Древна ДНК, али нек се нађе:

Белгијски резултати из 2013 (1000 тестираних)

https://docs.google.com/file/d/0B1RIQRMwAdjpdklnWllhUUtCMGc/edit?pli=1

Сицилија и јужна Италија из 2014 (326 тестираних)

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0096074

Ван мреже Korisnik77

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 81
Одг: Древна ДНК
« Одговор #68 послато: Јун 14, 2015, 04:43:01 поподне »
Interesantno vec 4-5 ancient dna rezultat I2a u Mađarskoj. Što se tiče ovih gore snipova to sam nasao na nekom linku sa eurogenes bloga, odnosno sa komentara na blogu. Koliko su relevantni ne znam, ali navodno su dobijeni analizom bam fajla iz pomenutog rada. Interesuje me u vezi ovih i2a sniooca, u kom odnosu stoje prema i2a dinariku?

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1135
Одг: Древна ДНК
« Одговор #69 послато: Јун 14, 2015, 06:38:41 поподне »
Interesantno vec 4-5 ancient dna rezultat I2a u Mađarskoj. Što se tiče ovih gore snipova to sam nasao na nekom linku sa eurogenes bloga, odnosno sa komentara na blogu. Koliko su relevantni ne znam, ali navodno su dobijeni analizom bam fajla iz pomenutog rada. Interesuje me u vezi ovih i2a sniooca, u kom odnosu stoje prema i2a dinariku?

Двойица из Мађарске имайу ПЙРове из огранка И2а2-М223. А они су доста удаљени од Динараца, Динарцемъ су рецимо ближи Сардинийци.
И2а узорака из Мађарске има йош неколико, видѣћемо ускоро шта ћейу они испасти.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Древна ДНК
« Одговор #70 послато: Јун 15, 2015, 09:19:40 пре подне »
Jean Manco на свом сајту http://www.ancestraljourneys.org/ урадила је, по мени, најбољи преглед досадашње древне ДНК. Могу се пронаћи и најновији резултати из студије за Бронзано доба Евроазије, међутим нема СНП-ова. Ауторка је написала да је податке из те студије добила у директној преписци са ауторима.

http://www.ancestraljourneys.org/ancientdna.shtml

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Древна ДНК
« Одговор #71 послато: Јун 15, 2015, 04:57:18 поподне »
Изгледа лепе вести за I1 Z63:

RISE175  Sweden          Nordic BA    I1a3a2
RISE179  Sweden          Nordic LN    I1a3a2
« Последња измена: Јун 15, 2015, 05:54:54 поподне Муњени Ћелић »
Икавац

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13139
Одг: Древна ДНК
« Одговор #72 послато: Јун 15, 2015, 06:05:38 поподне »
Занимљиво је у резултатима Y-днк да се хаплогрупа Ј2 појављује тек у узорцима из жељезног доба (у Јерменији се појављује чак грана Ј2б у жељезном, а у бронзаном добу у Јерменији је нема). Слично је и за жељезно доба у Русији и на Алтају гдје се појављује Ј2а хаплогрупа. Не знам како се ова појава Ј2 хаплогрупе у каснијем периоду може објаснити. Једино као каснија инфилтрација неког Ј2 слоја у индоевропску масу. Овај Ј2б налаз у Јерменији жељезног доба је колико знам први налаз Ј2б у древној днк. Такође треба видјети какво је то кретање у жељезном добу могло да избаци Ј2 хаплогрупу на површину.

У Јерменији је пронађена J2b2f (RISE 408). Изгледа да је у питању подграна J2b-M241.

http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpJ11.html

« Последња измена: Јун 15, 2015, 06:07:59 поподне Небојша »

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Древна ДНК
« Одговор #73 послато: Јун 15, 2015, 07:55:28 поподне »
Није ми баш најјасније зашто аутори студије за Евроазију нису до краја обрадили податке за Y-днк. Сад се појављују разна тумачења, која се доста разликују. Jean Manco је сабрала све ове разлике у једну табелу. Ту се виде одређења хаплогрупа које су дали аутори, Генетикер и Феликс.

https://drive.google.com/file/d/0B9vzsK0Ig1mNdlB4LTgzN2ZMNW8/view

Sirius

  • Гост
Одг: Древна ДНК
« Одговор #74 послато: Јун 15, 2015, 09:40:11 поподне »
Na periferiji genetike koja se zove genetička genealogija, kolo vode različita dobrovoljna/komercijalna društva koja su nametnula svaka svoju nomenklaturu i sopstvena tumačenja genetičkih rezultata. Tako se i došlo do situacije da i u toj sivoj zoni niko ne zna ili neće da kaže koji je snip uzvodno, a koji nizvodno. Takve stvari se događaju iz neznanja, pogrešnog/različitog tumačenja ili iz komercijalnih razloga.

Hoću da kažem da ne vidim zašto bi se neki profesionalni genetičar povodio za nomenklaturom i rasporedom koji je ustanovilo nekakvo dobrovoljno genetičko-genealoško društvo (kao što je npr. ISOGG). 

Ван мреже Љиљан

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 318
Одг: Древна ДНК
« Одговор #75 послато: Јун 16, 2015, 07:30:41 пре подне »
Još neki uzorci:
RISE397_Kapan_LBA_Armenia L23/PF6534/S141+ > Y4371/Z8128+ > Z2106+ > PH4902+ > Y:18249219(A/C)+ CTS9219- (assigned to CTS7763 branch), R1b1a2a2

RISE547_Temrta IV_Yamnaya_Russia L478/PF6403+ > CTS9416+ > Z2106+ Y:9992926(T/C)-, R1b1a2a2
RISE548_Temrta IV_Yamnaya_Russia PF6494+ > L23/PF6534/S141+ > Z8128/Y4371+ Z2105+ CTS9416+ CTS1843/Z2109- CTS9219- Y:22971205(G/C)- Y:7033880(C/T)- PH4503-, R1b1a2a2
RISE550_Peshany V_Yamnaya_Russia PF6399/S10+ PF6494+ > Z8129/Y12537+ CTS8966-, R1b1a2a2   
RISE555_Stalingrad Quarry_EBA_Russia PF6399/S10+ > CTS7340/Z2107+ > Z2106+ Y:8025025(G/A)- , R1b1a2a2   

Nejasan mi je raspored R1b i R1a u ovom ranom periodu. Proizilazi da je u Jamna kulturi, suprotno mojim očekivanjima, bila brojnija R1b nego R1a.

Ван мреже Љиљан

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 318
Одг: Древна ДНК
« Одговор #76 послато: Јун 16, 2015, 08:06:40 пре подне »
Interesantni su rezultati K15 za uzorak iz Sintašte.
K15:
North Sea: 40.16
Atlantic: 22.94
Baltic: 12.34
East Euro: 14.68
West Asian: 7.74
Sub Saharan: 2.14

Iz ovoga proizilazi da je stanovništvo Sintašte većinskim dijelom evropsko, te predstavlja povratnu migraciju iz Evrope u Aziju. Sintašta kultura (2800-1600BC) se obično smatra istočnim "produžetkom" Jamnaja kulture. Njen centar je bio istočno od Uralskih planina u oblasti oko 1000km udaljenoj od Kaspijskog mora, u pravcu sjeversjeveroistok.

Izgleda da je uzorak RISE386 iz Sintašte R1a1a1b2a2-Z2124

Ван мреже Лепеничанин

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 953
  • R1b
Одг: Древна ДНК
« Одговор #77 послато: Јун 16, 2015, 08:49:39 пре подне »
Зна ли неко постоји ли узорак неког припадника "Јамнаја" културе који припада Р1а или некој другој хаплогрупи осим Р1б?

Сви узорци које сам ја до сада видео су Р1б.

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Древна ДНК
« Одговор #78 послато: Јун 16, 2015, 11:59:03 пре подне »
Зна ли неко постоји ли узорак неког припадника "Јамнаја" културе који припада Р1а или некој другој хаплогрупи осим Р1б?

Сви узорци које сам ја до сада видео су Р1б.

Сад сам гледао, нисам нашао.

Мада на истоку су се Р1а и Р1б мјешали. Култура Межовскаја има и Р1а и Р 1б.На западу више дјелују раздвојено. Колико видим први спој се десио у Нордијском бронзаном периоду гдје има и Р1а и Р1б, али то је био спој дошљака са запада, и оних са истока.

Вјерујем да су Р1а и Р1б у неком периоду говорили међусобно разумљивим језиком и да је размјена технологије (металургије) између ове двије популације била интензивна. Не треба заборавити ни резултате из претходне студије гдје је Р1а нађен на простору европске Русије још у мезолиту.

Јамнаја култура је по свему судећи била доминантно Р1б и главни преносилац нових знања из области јужно од Кавказа.

Ван мреже Љиљан

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 318
Одг: Древна ДНК
« Одговор #79 послато: Јун 22, 2015, 12:49:45 поподне »
Na Dienekes-ovom sajtu sam našao nešto novo: http://dienekes.blogspot.com/2015/06/dna-from-hot-climates-technically.html

Izgleda da ćemo u narednih nekoliko dana imati prve rezultate drevne dnk sa prostora sadašnje Srbije: nalazište Gomolava kod Rume, uzorak star cca 6600g.