predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla

[Драган Обреновић]

Evo, našao sam lijep pregled čipova:

https://www.nature.com/articles/s41431-021-00917-7/tables/1

Vidi se da ovaj Illumina OmniExpress čip ne testira mitrohondrijski dnk, a ovaj novi Illumina GSA samo 134 markera (MT).

Zanimljivo je da su na novoj verziji 3 GSA čipa povečali pokrivenost na y-kromozomu na preko 4000 markera.

Да ли је овај чип већ у комерцијалној употреби код неке компаније? Можда 23andMe?

[Imoćanin]

Да ли је овај чип већ у комерцијалној употреби код неке компаније? Можда 23andMe?

Sumjam da će u naredno vrijeme nešto promijeniti. Oni taj GSA čip prve generacije kod sebe zovu V5. Ti čipovi pružaju mogućnost customizacije = do 50.000 SNP-ova po želji naručitelja. Mislim da su dosta visoke ulazne investicije i da će ovaj čip trošiti do felge ;-)

[Никац]

Evo šta im trenutačno piše na stranici:

In accordance with the industry standard, MyHeritage uses the Illumina OmniExpress-24 chip, with hundreds of thousands of strategically selected probes to capture the greatest amount of genetic variation, and facilitate research.

https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip
https://blog.myheritage.com/2019/04/update-regarding-dna-test-processing-times/

FDTNA и MyHeritage (мислим да је то у суштини иста компанија) су негдје 2018./2019. имали промјену чипа, и тренутно дају сирове податке који имају добро преклапање с новим 23andme, а слабије са старим 23andme, као и старим FDTNA и MyHeritage .

Нови чип би требало да је GSA, а стари Omni.

Чини се да још то нису ажурирали на својим страницама, које су и иначе доста дисфункционалне.

[Прерад]

Како видим почели су излазити подаци о Y-DNK гранама на основу FamilyFinder тестова. Међу обрађенима су већ неки тестирани из 2021 и касније.

Да ли се зна како FTDNA долази до тих резултата, да ли путем новог тестирања узорака или резултате извлаче из већ постојећих тестова за које нам тада нису дали све податке (без Y-DNK СНПова)?

После обраде добија се нови фајл за преузимање са називом Y-SNP Raw Data (GZIP, CSV).