Древна ДНК

[Atlantische]

Вјеројатно је ријеч о стојишту мужска и женска унутар дружства.

То ми је јасно. Поента је да узевши у обзир неке друге ствари које су жестоко форсиране у данашње време (родне студије, феминизам и сл, а које се пласирају и кроз неке археолошке радове, нпр. матријархат у неолиту) не изгледа немогуће да за исту ствар користе и анализе древне днк. Ово притом не говорим сматрајући то неком “теоријом завере”, већ стањем на терену.

[сɣнце]

То ми је јасно. Поента је да узевши у обзир неке друге ствари које су жестоко форсиране у данашње време (родне студије, феминизам и сл, а које се пласирају и кроз неке археолошке радове, нпр. матријархат у неолиту) не изгледа немогуће да за исту ствар користе и анализе древне днк. Ово притом не говорим сматрајући то неком “теоријом завере”, већ стањем на терену.

То и слутим. Читах крајем прошле године један такав чланак у Њемачкој у којем су на основу археологије закључили,  да је управо у бринзаном добу почело тзв.  угњетење жена.
Чињеница,  да је то текло руку у руку с првом појавом разликовања сталежа,  робовања,  угњетења свих родова људства је прешутано; што је дало нову храну знаш-кому за знаш-што.

[сɣнце]

То ми је јасно. Поента је да узевши у обзир неке друге ствари које су жестоко форсиране у данашње време (родне студије, феминизам и сл, а које се пласирају и кроз неке археолошке радове, нпр. матријархат у неолиту) не изгледа немогуће да за исту ствар користе и анализе древне днк. Ово притом не говорим сматрајући то неком “теоријом завере”, већ стањем на терену.

https://www.br.de/nachrichten/wissen/bronzezeit-vor-4000-jahren-lebte-arm-und-reich-unter-einem-dach,ReJiBhI

[НиколаВук]

Трагови до сад непознате врсте хоминина, која се од "главне гране" одвојила пре одвајања предака неандерталаца и модерних људи, су пронађени у ДНК структури савремених људи пореклом из западне Африке. Људска еволутивна историја из године у годину постаје све замршенија.

'Ghost' DNA In West Africans Complicates Story Of Human Origins

[Србин]

Интересантно да је скоро објављен и овај рад у вези детектованих фрагмената неандерталске ДНК код афричких популација унешене повратном миграцијом из Евроазије: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30059-3

Поменути рад значајан је по закључку да је разноликост неафричке неандерталске ДНК прецењена, односно да мешања са неандерталским групама није било у оноликој мери колико се раније мислило.

Због детекције неандерталске ДНК у афричким популацијама смањена је разлика у уделу између Европљана и Источних Азијата, но ови други опет имају више.

2015 године објављена је студија Kim et al. која је дошла до закључка да мања популација и селекција не могу објаснити виши удео неандерталске генетике у геному источноазијских популација у односу на европске због чега се претпоставља да се ради о додатном мешању предака источноазијских популација са неандерталским групама у односу на европске. Линк: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002929715000087

Још 2012 године објављена је студија о афричким ловцима-сакупљачима (Бака, Бедзан и Бакола из Камеруна, Хадза и Сандаве из Танзаније), а која се истиче по томе да је WGS тест открио знаке мешања са једном или више архаичних популација пре више од 40 хиљада година, која се притом одвојила од људског рода пре 1,2-1,3 милиона година. Линк: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3426505/

Осим наведене студије један рад новијег датума донео је закључак да је уплив ДНК непознатих архаичних афричких Хоминина утицао на еволуцију протеина Муцин 7 у пљувачки савремених афричких популација (Јоруба итд.). Линк: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5850612/

Поменуто је раздвајање непознате или непознатих лоза од људске пре 4,5 милиона година, знатно више од дотичне групе из претходно поменуте студије.

2018 објављен је још и овај рад везан за архаично мешање: https://www.researchgate.net/publication/325492331_Outstanding_questions_in_the_study_of_archaic_hominin_admixture

Интересантна је упрошћена шема основног мешања међу географски изолованим популацијама: https://www.researchgate.net/publication/325492331/figure/fig1/AS:632706387939328@1527860366006/A-simplified-model-of-admixture-history-between-archaic-and-anatomically-modern-human.png

Претпоставља се да је веома рано дошло је до људског уплива у Неандерталце, потом у корен свих евроазијских "неафричких" популација након чега Eвропљани примају компоненту још неоткривеног Базалног Евроазијата (означен као непомешан неафриканац, који је унет у Европу у саставу компоненте Неолитских Земљорадника), затим корен Источних Евроазијата прима још једну "дозу" неандерталске ДНК, па денисовске да би на крају Источни Азијати примили уплив Европске (боље рећи мешавину блискоисточне са БЕ), односно још денисовске у популације Југоисточне Азије.

Међутим поменута студија није узела у обзир остале догађаје уношења стране ДНК у геном савремених људи што би требало бити евидентно како код Афричких, тако и Азијских популација. Питање да ли су Базални Евроазијати, самим тим касније и неолитски земорадници који су у свом саставу имали поменуту аутозомалну компоненту имали још нешто не-неандерталско, не-денисовско из Африке што је допринело појединим афричким популацијама.

[Србин]

Цитирам заниљивости у вези рада Дурвасула/Санкарараман 2020 раније поменутог од стране НиколеВука.

Combining our results across the West African populations, we estimate that the archaic population split from the ancestor of Neanderthals and modern humans 360 thousand years (ka) to 1.02 million years (Ma) B.P. and subsequently introgressed into the ancestors of present-day Africans 0 to 124 ka B.P. contributing 2 to 19% of their ancestry. We caution that the true underlying demographic model is likely to be more complex.

Лоза која се одвојила од Неандерталаца и савремених људи пре 360.000-1.020.000 година (средња вредност 690.000) допринела је 2-19% генетског материјала зависно од полулације са простора Западне Африке путем мешања које се догодило најраније пре 124.000 година.

Non-African populations (Han Chinese in Beijing and Utah residents with northern and western European ancestry) also show analogous patterns in the CSFS, suggesting that a component of archaic ancestry was shared before the split of African and non-African populations.

Дакле страни удео у геному немају само Западни Африканци већ и Европљани (Американци европског порекла, Јута) и Азијати (Хан Кинези, Пекинг) што сугерише да се мешање одвило пре напуштања Африке.

Some of these genes are at high frequency across both the YRI and MSL, including NF1, a tumor suppressor gene (83% in YRI, 85% in MSL), MTFR2, a gene involved with mitochondrial aerobic respiration in the testis (67% in YRI, 78% in MSL), HSD17B2, a gene involved with hormone regulation (74% in YRI, 68% in MSL), KCNIP4, which is a gene involved with potassium channels (73% in YRI, 69% in MSL), and TRPS1, a gene associated with trichorhinophalangeal syndrome (71% in YRI, 75% in MSL; Table 1). Three of these genes have been found in previous scans for positive selection in the YRI: NF1 (25, 26), KCNIP4 (27), and TRPS1 (28). On the other hand, we do not find elevated frequencies at MUC7, a gene previously found to harbor signatures of archaic introgression (29).

Интересантно да ова студија за разлику од старије наведене у претходном посту, није детектовала архаичну ДНК на гену Мицин 7 али јесте на већем броју других гена, укључујући и оне везане за функцију тестиса, регулацију хормона, супресију тумора али и калијумских канала у саставу ћелија. Један је везан за трихоринофалангеални синдром.

We computed the maximum frequency of archaic segments near these genes and found that the average was 15% in YRI. This is consistent with those genes harboring archaic ancestry and confirms the results of Plagnol and Wall [2006] (7).

YRI=Yoruba 15%.

S8.1 Results from the Luhya

Examination of the CSFS in the Luhya from Kenya (LWK) also reveals a U-shaped spectrum, similar to the other African populations examined here (Figure S5). We performed the same ABC-based parameter estimation procedure and found that a linage splitting 624,000 years ago (95% HPD: 290,100-1,137,000) with an Ne of 24,000 (95% HPD: 22,000-24,000) and introgressing 50,000 years ago (95% HPD: 11,000-113,00) is able to explain the shape of the spectrum. These parameters are similar to the other African populations. However, we find that an introgression fraction of 0.18 (95 % HPD: 0.09-0.31) is also required, which is much higher than the other populations. Inferences in the LWK could be complicated by non-African ancestry in the Luhya, resulting in increased estimates of the admixture fraction[Wall et al., 2013] (52). However, gene flow from the Neanderthals mediated through non-African ancestry into the LWK may not be enough to quantitatively explain this increase. Another possibility is other unmodeled gene flow events outside of the ones we describe here.

Лухја 19%.

S8.2 Pre- versus post- Out-of-Africa

We performed additional modeling considering the YRI and CEU spectra jointly. Since the right (high frequency derived) side of the spectrum is most informative for this question, we only considered the allele frequency bins above 50. We simulated data using the same priors in Section S5.2, but computed the spectrum for both YRI and CEU. We found that the best fitting parameters were an archaic split time of 27,000 generations ago (95% HPD: 26,000-28,000), admixture fraction of 0.09 (95% HPD: 0.04-0.17), admixture time of 3,000 generations ago (95% HPD: 2,800-3,400), and an effective population size of 19,700 individuals (95% HPD: 19,300-20,200). We find that the lower bound of the admixture time is further back than the simulated split between CEU and YRI (2155 generations ago), providing some evidence in favor of a pre-Out-of-Africa event. This model suggests that many populations outside of Africa should also contain haplotypes from this introgression event, though detection is difficult because many methods use unadmixed outgroups to detect introgressed haplotypes [Browning et al., 2018, Skov et al., 2018, Durvasula and Sankararaman, 2019] (5, 53, 22). It is also possible that some of these haplotypes were lost during the Out-of-Africa bottleneck.

Просек за Јорубу и Американце европског порекла из Јуте јесте 9%. Претпостављају да је могло доћи до губљења дела страних хаплотипова услед уског грла при напуштању Африке.

[НиколаВук]

Још једна занимљивост у вези неандерталаца, изгледа да њихов Y хромозом није био компатибилан са нашом врстом и самим тим су мушки "мешанци" очева неандерталаца и мајки Homo sapiens sapiens-a били или мртворођени или неплодни.

Missing Y chromosome kept us apart from Neanderthals

[Be like Bill]

Još nije "zrelo" ali izgleda da bi ove godine moglo biti još rezultata drevne DNK sa područja Hrvatske, tačnije Lovasa. Prošle godine pronađeni su ostaci tri osobe iz peroda 3000 godina pr naše ere, bakarnog doba. Pretpostavlja se da su pripadali kostolačkoj kulturi, a sam način ukopavanja dosta je neobičan. Za analizu ostataka zadužen je dr Mario Novak sa Instituta za antropologiju u Zagrebu koji izgleda postaje vodeći naučnik za istraživanja drevne DNK na području Hrvatske

Za analizu kostura zadužen je bioarheolog Mario Novak iz Instituta za antropologiju u Zagrebu, gdje se sada i nalaze kosturi. Oni će biti poslani na c14 datiranje, analizu izotopa i DNA analizu. Do kraja 2020. trebali bismo znati više o detaljima nalaza i odnosima između pokopanih pojedinaca.

https://www.index.hr/vijesti/clanak/u-slavoniji-pronadjen-grob-star-5000-godina-u-njemu-3-kostura-u-cudnom-polozaju/2146008.aspx

[CosicZ]

Анализирани су остаци 22 индивидуе са некрополе стећака Метаљица код Тарчина. У два узорка пронађена је Y-хаплогрупа I2a, а у једном R1b. При крају је и анализа mtDNA.
https://www.preporod.info/bs/article/17647/pojskic-geneticka-struktura-ostataka-sa-nekropole-metaljica-odgovara-nasoj

[filipi]

Анализирани су остаци 22 индивидуе са некрополе стећака Метаљица код Тарчина. У два узорка пронађена је Y-хаплогрупа I2a, а у једном R1b. При крају је и анализа mtDNA.
https://www.preporod.info/bs/article/17647/pojskic-geneticka-struktura-ostataka-sa-nekropole-metaljica-odgovara-nasoj

"dok jedna osoba pripada drugoj najučestalijoj Y-haplogrupi u BiH - R1b haplogrupi"
Ovo je vjerovatno greska. U pitanju je po svemu sudeci R1a.

[Мића]

https://www.danas.rs/kultura/nova-arheoloska-otkrica-u-viminacijumu/

Na tom mestu su sahranjivani stanovnici Viminacijuma, prestonice Gornje Mezije, od početka II do kraja IV veka. Groblje je postavljeno uz antičku saobraćajnicu koja je spajala Viminacijum sa unutrašnjošću provincije na jugu.
Budući da je bila u upotrebi gotovo 300 godina, grobovi u nekropoli su postavljeni veoma gusto, a pronađeni su i neopljačkani sarkofazi sa arhefaktima. Do sada je otkopano više od 300 različitih predmeta (arhefakata) uglavnom nakita i delova odeće.
„Kada se govori o tako velikom uzorku, po pravilu se očekuju i otkrića koja iskaču iz uobičajenog grobnog inventara i koja zbune i oduševe arheologe. Celine koje se odlikuju specifičnim načinom pogrebnog rituala ili odskaču izborom predmeta položenim uz pokojnike, izlaze na svetlost dana na nedeljnom nivou“, kaže za Betu vođa arheološkog tima i direktor Arheološkog instituta u Beogradu Miomir Korać.
„Ono što je u ovom trenutku izvesno je da se arheološka istraživanja vrše na delu nekropole koji je koristilo imućnije stanovništvo, sa indicijama da se radi o ljudima iste etničke pripadnosti. Dobra očuvanost skeletnog materijala omogućiće interdisciplinarni pristup pomenutoj problematici, te arheolozi željno iščekuju analize drevne DNK, odnos izotopa stroncijuma i kalcijuma u zubima itd“, dodao je on.

[НиколаВук]

https://www.danas.rs/kultura/nova-arheoloska-otkrica-u-viminacijumu/

Прочитах да су у откривеним саркофазима сахрањене само припаднице лепшег пола, тако да ништа од Y-ДНК. 

[Владимир Бојановић]

Не верујем да се у свих 170 гробова налазе саркофази.

[НиколаВук]

Не верујем да се у свих 170 гробова налазе саркофази.

Било је речи само о три оловна саркофага са скупоценим прилозима и накитом, у којима су нађени женски скелети.

[Владимир Бојановић]

Па добро, то су само 3, остаје још 167 гробних места. 

[НиколаВук]

Па добро, то су само 3, остаје још 167 гробних места. 

Рекоше да је сахрањивање у оловним саркофазима ретко и да их је до сада на целом Виминацијуму нађено мање од 30. Овај начин сахрањивања се везује за богате Левантинце, па ја "навијам" да ће можда у неком од њих бити пронађен родоначелник или барем рођак родоначелника неког од наших J1/J2 профилисаних родова.

[Nebo]

Ancient DNA news from the Balkans!

With very High E-L539 (E-M78) and E-M35 lineages detected as well.

Viminacium - 28 (labeled Serbia_Roman):
E x 13 (L618 x 6; L618>V13 x 3; Z830 x 1; Z830>M123 x 1; Z1902 x 1; M96 x 1)
G x 5 (PF3148 x 1; PF3148>L91 x 1; P303 x 1; L497 x 1; L497>Z1815 x 1)
R1b x 3 (Z2103 x 1; U106 x 1; U152>L2>Z367 x 1)
R1a x 2 (Z2124>Z2122 x 1; Z2124>Z2123 x 1)
J x 2 (M304 x 1; L24 x 1)
T x 1 (M184)
I1 x 1 (M253)
I2 x 1 (L596)

Timacum Minus, Slog necropolis - 10 (labeled Serbia_Roman):
E x 3 (M35 x 1; L618 x 1; L618>V13 x 1)
J x 3 (M304 x 1; M410 x 1; M241 x 1)
R1b x 2 (Z2103 x 1; Z2103>CTS1450 x 1)
G x 1 (CTS342>FGC12126)
I1 x 1 (Z58>CTS8647)

Timacum Minus, Kuline necropolis - 5 (labeled Serbia_Early_Middle_Age):
I2 x 2 (M423 x 2)
E x 1 (L618)
J x 1 (M304)
R1b x 1 (P312>DF99)

Lepenski Vir - 2:
E x 1 (M35) - Serbia_Roman
J x 1 (M102) - Serbia_Medieval

Mediana - 2 (labeled Serbia_Gepid):
G x 1 (P287)
I1 x 1 (Z58>CTS8647)

Gomolava - 1 (labeled Serbia_Medieval):
I2 x 1 (M423>L621>CTS4002)

[НиколаВук]

Ancient DNA news from the Balkans!

With very High E-L539 (E-M78) and E-M35 lineages detected as well.

Viminacium - 28 (labeled Serbia_Roman):
E x 13 (L618 x 6; L618>V13 x 3; Z830 x 1; Z830>M123 x 1; Z1902 x 1; M96 x 1)
G x 5 (PF3148 x 1; PF3148>L91 x 1; P303 x 1; L497 x 1; L497>Z1815 x 1)
R1b x 3 (Z2103 x 1; U106 x 1; U152>L2>Z367 x 1)
R1a x 2 (Z2124>Z2122 x 1; Z2124>Z2123 x 1)
J x 2 (M304 x 1; L24 x 1)
T x 1 (M184)
I1 x 1 (M253)
I2 x 1 (L596)

Timacum Minus, Slog necropolis - 10 (labeled Serbia_Roman):
E x 3 (M35 x 1; L618 x 1; L618>V13 x 1)
J x 3 (M304 x 1; M410 x 1; M241 x 1)
R1b x 2 (Z2103 x 1; Z2103>CTS1450 x 1)
G x 1 (CTS342>FGC12126)
I1 x 1 (Z58>CTS8647)

Timacum Minus, Kuline necropolis - 5 (labeled Serbia_Early_Middle_Age):
I2 x 2 (M423 x 2)
E x 1 (L618)
J x 1 (M304)
R1b x 1 (P312>DF99)

Lepenski Vir - 2:
E x 1 (M35) - Serbia_Roman
J x 1 (M102) - Serbia_Medieval

Mediana - 2 (labeled Serbia_Gepid):
G x 1 (P287)
I1 x 1 (Z58>CTS8647)

Gomolava - 1 (labeled Serbia_Medieval):
I2 x 1 (M423>L621>CTS4002)

Да, то је из оног великог рада који је најављиван. Постоји ли линк ка раду или је ово само неки "први поглед"?

[Слатинац]

Timacum Minus, Slog necropolis - 10 (labeled Serbia_Roman):
R1b x 2 (Z2103 x 1; Z2103>CTS1450 x 1)

Ово је још једна потврда да су BY611 и њене предачке гране староседелачке на Балкану. Скелет колико видим датира из периода  између I и VI века, из римског периода. Грана R-CTS1450 која је пронађена код овог скелета тренутно је најближа предачка грана нашој BY611/Y10889 која је пронађена код неког скелета. До сада су међу тестираним скелетима из разних археолошких налазишта у Србији и региону пронађене гране Z2103, Z2109, CTS7556 (сви ови скелети датирају из периода бронзаног доба тј. стари су између 3500-5000 година).

[НиколаВук]

Ово је још једна потврда да су BY611 и њене предачке гране староседелачке на Балкану. Скелет колико видим датира из периода  између I и VI века, из римског периода. Грана R-CTS1450 која је пронађена код овог скелета тренутно је најближа предачка грана нашој BY611/Y10889 која је пронађена код неког скелета. До сада су међу тестираним скелетима из разних археолошких налазишта у Србији и региону пронађене гране Z2103, Z2109, CTS7556 (сви ови скелети датирају из периода бронзаног доба тј. стари су између 3500-5000 година).

Нисам видео да је рад изашао. Након што изађе би требало да убрзо након тога изађу и BAM фајлови, где ће моћи да се изолује још низводнија грана од CTS1450, а ја верујем да ће то бити BY611, можда чак и Z2705 али видећемо. Поменути скелети из Тимакум Минуса конкретно потичу из 4-5. века, дакле касна антика односно период Сеобе народа. Очигледно је у питању мешана некропола локалаца и федерата-варвара из предела северно од Дунава.