Jones et al. 2017: The Neolithic Transition in the Baltic Was Not Driven by...

[Atlantische]

February 02, 2017

The Neolithic Transition in the Baltic Was Not Driven by Admixture with Early European Farmers
http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(16)31542-1

http://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(16)31542-1

•A degree of genetic continuity from the Mesolithic to the Neolithic in the Baltic
•Steppe-related genetic influences found in the Baltic during the Neolithic
•No Anatolian farmer-related genetic admixture in Neolithic Baltic samples
•Steppe ancestry in Latvia at the time of the emergence of Balto-Slavic languages

И најзанимљивији део.

Further, the Y chromosomes of two of four Latvian Mesolithic samples were assigned to haplogroup R1b (the maximum-likelihood sub-haplogroup is R1b1b), which is the most common haplogroup found in modern Western Europeans.

[Црна Гуја]

Latvia_HG1: 6417-6199 п.н.е., Кунда култура, (Ж), mtDNA: U5a1c

Latvia_HG2: 5791-5586 п.н.е., Нарва култура, (М), Y-DNA: pre-R1b1a1a1-M73, mtDNA: U2e1

Latvia_HG3: 5252-4802 п.н.е., (М), Y-DNA: pre-R1b1a1a1-M73, mtDNA: U5a2d

Latvia_MN1: 4201-3926 п.н.е., (М), Y-DNA: R1b1a1a-P297, mtDNA: U4a1

Latvia_MN2: 4179-3750 п.н.е., Comb Ware култура, (Ж), mtDNA: U4

Latvia_LN1: 3039-2626 п.н.е., Corded Ware култура, (Ж), mtDNA: U5a1

Ukraine_HG1: 9143-8591 п.н.е., (М), Y-DNA: I2a2a-M223, mtDNA: U5b2

Ukraine_N1: 4469-4293 п.н.е., Дњепро-Донецка култура, (М), Y-DNA: R1a1-M459*, mtDNA: U4


https://genetiker.wordpress.com/2017/02/04/y-snp-calls-from-mesolithic-and-neolithic-latvia-and-ukraine/

[Црна Гуја]

На PCA дијаграму је приказана блискост/удаљеност одабраних древних узорака. Видимо да се летонски ловци-сакупљачи налазе негде између западних и скандинавских ловаца-сакупљача (WHG и SHG), док се украјински ловац-сакупљач и касни неолићанин (Дњепар-Донец) налазе негде између скандинавских и источних ловаца-сакупљача (SHG и EHG). Такође видимо да је један од летонских средњенеолитских узорака (Latvia_MN1) скоро идентичан западним ловцима-сакупљачима, док је други (Latvia_MN2) јако близу источним. Летонски узорак из касног неолита (Latvia_LN1) је археолошки смештен у Corded Ware културу, а на дијаграму видимо да је и генетски најближи управо узорцима из те културе.

На доњем дијаграму се може уочити још једна јако битна ствар, а то је да се узорак Latvia_LN1 може моделовати као мешавина кавкаског ловца сакупљача (CHG-Kotias) и украјинског ловца-сакупљача/украјинског неолићанина (црвене стрелице), док се узорци из Corded Ware културе из Централне Европе (у зеленом пољу) могу моделовати као Latvia_LN1 са мањим уделом фармерске компоненте (плаве стрелице). Такође, Latvia_LN1 је прилично удаљен од претходних летонских ловаца-сакупљача, што јасно указује да представља новопридошлу популацију у пределе Балтика, највероватније из црноморских степа, што се сасвим лепо уклапа у ширење Corded Ware културе. Може се рећи да ове релације посредно указују и да је Corded Ware култура настала из украјинског неолита (Дњепро-Донецка култура), уз известан прилив генетике кавкаских ловаца-сакупљача, а овакав сценарио има упориште и у археологији.

[Црна Гуја]

Летонски ловци сакупљачи нису имали мутиране алеле на оба гена заслужна за светлију боју коже (SLC24A5 и SLC45A2), али су сви имали мутирани алел на гену HERC2 који је одговоран за плаву боју очију. Са друге стране, украјински ловац сакупљач је имао мутиране алеле и на гену SLC24A5 и на гену SLC45A2, што значи да је сигурно био светлог тена.


Ево и још неких занимљивих фенотипских СНП-ова који су пронађени у узорцима из овог рада:


https://genetiker.wordpress.com/2017/02/04/phenotype-snps-from-mesolithic-and-neolithic-latvia-and-ukraine/

[шкрњо]

Не знам да ли пишем на правом мјесту, али пошто видим да има помена пигментације мезолитских ловаца-сакупљача, разјаснио бих нешто на ту тему.

Сви гени за депигментацију коже још увијек нису познати. Постоји неколико свијетлих популација данас којима се фенотипски СНП маркери за пигментацију никако не поклапају са стварном пигментацијом.

Оркадијци су класичан примјер. Иако су уз Ирце једна од популација са најсвјетлијом кожом, по анализи фенотипских СНП имају најтамнију кожу у Европи (тамнију и од Шпанаца из Андалузије и неколико сјеверноафричких народа), јер оквирно 15 посто њих нема мутацију за свијетлу кожу на SLC24A5 гену (видјети слику доље). Имају и мање мутација за плаве очи неголи Французи или Италијани (Walsh et al., 2011), што такође нема никаквог утемељења у стварности.

Сличних примјера има још (код неколико азијских народа).

Западни ловци-сакупљачи су сигурно били свијетло пигментисане коже. У палеолитским и мезолитским узорцима (најстарији од којих је из Гојета у Белгији, процијењена старост на 20.000+ година) су нађени потпуни или дјелимични гени заслужни за риђост, која готово неизоставно иде руку под руку са свијетлом кожом. Физичка антропологија такође тврди да су Европљани палеолитских/мезолитских фенотипова данас најсвјетлије коже. А као што је већ речено, сви гени заслужни за пигментацију још нису познати.

Распрострањеност верзије за свијетлу пигментацију SLC24A5 гена (обратити пажњу на Оркадијце):

„Генетска“ распрострањеност свијетлих очију:

[Црна Гуја]

Сви гени за депигментацију коже још увијек нису познати. Постоји неколико свијетлих популација данас којима се фенотипски СНП маркери за пигментацију никако не поклапају са стварном пигментацијом.

Оркадијци су класичан примјер. Иако су уз Ирце једна од популација са најсвјетлијом кожом, по анализи фенотипских СНП имају најтамнију кожу у Европи (тамнију и од Шпанаца из Андалузије и неколико сјеверноафричких народа), јер оквирно 15 посто њих нема мутацију за свијетлу кожу на SLC24A5 гену (видјети слику доље). Имају и мање мутација за плаве очи неголи Французи или Италијани (Walsh et al., 2011), што такође нема никаквог утемељења у стварности.

Западни ловци-сакупљачи су сигурно били свијетло пигментисане коже. У палеолитским и мезолитским узорцима (најстарији од којих је из Гојета у Белгији, процијењена старост на 20.000+ година) су нађени потпуни или дјелимични гени заслужни за риђост, која готово неизоставно иде руку под руку са свијетлом кожом. Физичка антропологија такође тврди да су Европљани палеолитских/мезолитских фенотипова данас најсвјетлије коже. А као што је већ речено, сви гени заслужни за пигментацију још нису познати.

Сигурно да нису познати сви гени везани за пигментацију, међутим научници не користе без разлога најчешће два горе наведена, јер они објашњавају највећи део варијације између људи светле и тамне коже, остатак објашњавају MC1R, TYR и још неки, а сигурно да има и неких још неоткривених. Тих 15% Оркадијаца можда нема мутацију на SLC24A5, али могу да се кладим да имају на неком од осталих наведених гена. Ако имаш светлу кожу, не значи да мораш имати мутацију на сваком гену који је одговоран за такав фенотип.

За твоју тврдњу да су западни ловци-сакупљачи сигурно били светло пигментисане коже не постоји апсолутно никакав доказ.

[шкрњо]

Тих 15% Оркадијаца можда нема мутацију на SLC24A5, али могу да се кладим да имају на неком од осталих наведених гена. Ако имаш светлу кожу, не значи да мораш имати мутацију на сваком гену који је одговоран за такав фенотип.

Иако имају мутацију на неком од других гена, то и даље не поништава чињеницу да је њихова верзија SLC24A5 задужена за појачану производњу меланина, што се никако не уклапа у њихову позицију као једне од најсвјетлијих свјетских популација.

За твоју тврдњу да су западни ловци-сакупљачи сигурно били светло пигментисане коже не постоји апсолутно никакав доказ.

Докази су већ наведени. Ген за риђост, осим пигментације косе, несумњиво за собом повлачи и свијетлу пигментацију и пјегавост коже.
Такође, Европљани палеолитских фенотипова не само да имају свијетлу кожу, већ константно по свим антрополошким истраживањима имају свјетлију кожу од ма којег другог фенотипа, што се никако не уклапа у причу о "тамним западним ловцима-сакупљачима".

[Црна Гуја]

Иако имају мутацију на неком од других гена, то и даље не поништава чињеницу да је њихова верзија SLC24A5 задужена за појачану производњу меланина, што се никако не уклапа у њихову позицију као једне од најсвјетлијих свјетских популација.Докази су већ наведени. Ген за риђост, осим пигментације косе, несумњиво за собом повлачи и свијетлу пигментацију и пјегавост коже.
Такође, Европљани палеолитских фенотипова не само да имају свијетлу кожу, већ константно по свим антрополошким истраживањима имају свјетлију кожу од ма којег другог фенотипа, што се никако не уклапа у причу о "тамним западним ловцима-сакупљачима".

Опет, није доказ, не можеш тврдити да је доказ твоје одокативно уочавање и повезивање одређених појава. Дакле, дај неки релевантан извор, научни рад...Једно једино очитавање мутираног алела за риђу косу код Гојета не може ни под којим условима бити доказ да су сви западни ловци-сакупљачи били светло пигментисане коже.

[шкрњо]

Опет, није доказ, не можеш тврдити да је доказ твоје одокативно уочавање и повезивање одређених појава. Дакле, дај неки релевантан извор, научни рад...Једно једино очитавање мутираног алела за риђу косу код Гојета не може ни под којим условима бити доказ да су сви западни ловци-сакупљачи били светло пигментисане коже.

Неки други западни ловци-сакупљачи су имали гене за дјелимичну риђост (нпр. узорци из Мотале).

By means of this study it is possible to reconstruct with some probability the living appearance of the Upper Palaeolithic men. They were typically tall, broad-shouldered, large-chested; their heads were large, their browridges heavy to medium; their foreheads broad and high; their faces were broad and slightly flattish, the mouth large, with lips of moderated thickness and little eversion, the lines around the mouth deeply drawn, the whole lower jaw wide and deep, with a prominent chin. The nose was of moderate to large size, straight to concave-profiled, with a moderately thick, upturned tip. The hair was brown and wavy, frequently rufous, of medium abundance on beard and body; the eyes light-mixed blue. The skin was typically inclined to freckling, and very fair.
(C.S. Coon, The Races of Europe, chapter X, section 2)

Ово су закључци засновани на испитивању савремених Европљана палеолитских типова. Као што видимо, генетика и антропологија се слажу око пигментације косе и очију, једино се закључак о пигментацији коже уопште не подудара.
Да су западни ловци-сакупљачи били свијетле коже нисам закључио одокативно, већ, између осталог, на основу чињенице да се најсвјетлија кожа по фон Лушановој скали јавља управо у мјестима са најгушћом концентрацијом кромањонског фенотипа (нпр. запад Ирске и сл.).

[Црна Гуја]

Неки други западни ловци-сакупљачи су имали гене за дјелимичну риђост (нпр. узорци из Мотале).

By means of this study it is possible to reconstruct with some probability the living appearance of the Upper Palaeolithic men. They were typically tall, broad-shouldered, large-chested; their heads were large, their browridges heavy to medium; their foreheads broad and high; their faces were broad and slightly flattish, the mouth large, with lips of moderated thickness and little eversion, the lines around the mouth deeply drawn, the whole lower jaw wide and deep, with a prominent chin. The nose was of moderate to large size, straight to concave-profiled, with a moderately thick, upturned tip. The hair was brown and wavy, frequently rufous, of medium abundance on beard and body; the eyes light-mixed blue. The skin was typically inclined to freckling, and very fair.
(C.S. Coon, The Races of Europe, chapter X, section 2)

Ово су закључци засновани на испитивању савремених Европљана палеолитских типова. Као што видимо, генетика и антропологија се слажу око пигментације косе и очију, једино се закључак о пигментацији коже уопште не подудара.
Да су западни ловци-сакупљачи били свијетле коже нисам закључио одокативно, већ, између осталог, на основу чињенице да се најсвјетлија кожа по фон Лушановој скали јавља управо у мјестима са најгушћом концентрацијом кромањонског фенотипа (нпр. запад Ирске и сл.).

Не можеш се позивати на писање Куна, јер он никако није могао са сигурношћу знати какве су боје коже били палеолитски Европљани, уосталом и сам каже:"... it is possible to reconstruct with some probability..." И није ништа чудно што је тако мислио, исто је мислило и скоро 100% научника док генетика није дошла у помоћ.

Чудно ми је да ниси приметио да је управо у тим областима где су се очувале одређене карактеристике кромањонског фенотипа, и где се јавља најсветлија кожа, кромањонска/староевропска генетика прилично слабо заступљена (и аутосомално, и ако гледамо унипаренталне маркере). Код нпр. Ираца, Шкота, Норвежана и Енглеза, код којих су најуочљивије те "кромањонске" карактеристике, аутосомално доминира степска/индоевропска генетика, затим фармерска, па тек онда староевропска. Слично је и са унипаренталним маркерима, код Y-DNK доминира индоевропскa лозa R1b (ово поготово важи за Ирску коју си поменуо: R1b-81%, I1+I2-12%), док код mt-DNK доминирају фармерске лозе. А знамо да су и фармери и Индоевропљани редовно носили мутирани алел бар једног, а често и оба гена која се најчешће везују за светао тен, за разлику од западних ловаца-сакупљача код којих су пронађени искључиво немутирани алели ових гена. Ствари су што се тога тиче прилично јасне, и морам признати да нисам видео да их игде ико доводи у питање осим тебе.

[шкрњо]

Чудно ми је да ниси приметио да је управо у тим областима где су се очувале одређене карактеристике кромањонског фенотипа, и где се јавља најсветлија кожа, кромањонска/староевропска генетика прилично слабо заступљена (и аутосомално, и ако гледамо унипаренталне маркере). Код нпр. Ираца, Шкота, Норвежана и Енглеза, код којих су најуочљивије те "кромањонске" карактеристике, аутосомално доминира степска/индоевропска генетика, затим фармерска, па тек онда староевропска.

Примијетио сам те аутозомалне анализе, али нисам спреман повјеровати у сваку небулозу коју оне потврде. Нпр. по тим анализама Баски су становништво "генетски" најсродније староевропљанима, иако антрополошки припадају доминантно медитеранском типу (чак шта више, њихов тип се истиче по врло малим димензијама лица).

Има тврдњи и да су Балти генетски најсроднији староевропљанима, но ни оне не пију воду, што због антропологије (одсуство нередукованих кромањонских типова), што због чињенице да имају више ANE елемента. Да, имају мање неолитског елемента, али мање неолитског елемента значи и мање WHG, јер је ENF компонента приближно 55-60% WHG. Технички имају 1-2 посто више WHG компоненте од сјеверозапда, али такође и више ANE и мање ENF, што их чини мање сродним мезолитским Европљанима. Ево колико далеко се ANE генетски котира од WHG (у успоредби са неолитским фармерима, који су неупоредиво ближе овој компоненти):



Друго, наведене популације (Енгелзи, Шкоти, Ирци, Норвежани) и нису баш доминантно кромањонског типа. Западни Ирци и Норвежани из западних фјордова јесу, али остатак Норвешке и Британских острва није. У сваком случају, заједно са још неким популацијама на ободима сјеверозападне Европе, чињеница је да имају више кромањонца него било који други дио Европе, изузимајући ЦГ и грчке Каракачане.

Не знам како се може тврдити да је, нпр. Енглез грацилног медитеранског типа "ближи" палеолитским Европљанима, од рецимо, Балканца чистог кромањонског типа, једино због фамозних "аутозомалних анализа". Ако су мезолитским Европљанима народи попут Баскијаца и Балта заиста блиски, зашто се то уопште не испољава у њиховом фенотипу, ни метрички ни пигментацијски? Какву функцију (ако је уопште кодирајућа) та ДНК има онда? То се не може објаснити пуком случајношћу. Ако су Европљани из горњег палеолита и мезолита потпуно истог фенотипа (и ако други потичу од првих), како онда први на калкулаторима испадају као "мјешанци" (примјер Костенки, Гојет, итд.), а други као "чисти Европљани"? То су само нека од многих питања на која те аутозомалне анализе (још увијек) не могу дати одговор (да сад не спомињем неке друге небулозе везане за аутозомалну, нпр. МДЛП калкулатор по којем су Црногорци "ближи" Румунима и Гагаузима него Босанцима, и по коме су исто "ближи" Оркадијцима и Норвежанима него Албанцима, или неке анализе по којима су Шпанци ближи сјеверу Европе него југу Италије... примјера будалаштина из аутозомалних анализа има на претек. Нажалост опсесија таквим анализама водећих интернет-стручњака за генетику (типа Давидски) се граничи са аутизмом).

Слично је и са унипаренталним маркерима, код Y-DNK доминира индоевропскa лозa R1b (ово поготово важи за Ирску коју си поменуо: R1b-81%, I1+I2-12%), док код mt-DNK доминирају фармерске лозе. А знамо да су и фармери и Индоевропљани редовно носили мутирани алел бар једног, а често и оба гена која се најчешће везују за светао тен, за разлику од западних ловаца-сакупљача код којих су пронађени искључиво немутирани алели ових гена. Ствари су што се тога тиче прилично јасне, и морам признати да нисам видео да их игде ико доводи у питање осим тебе.

Као што је већ спомињано, хаплогрупе се не морају подударати са фенотипом (како би онда E1b носиоци изгледали?).
Што се тиче довођења пигментације мезолитсих Европљана у питање, и даље стојим иза тога.
Ево још једног примјера непоклапања стварног изгледа са генетским анализама: Јакути и Амур Манџурци немају ни један монголоидни ген за депигментацију, иако су за те просторе натпросјечно свијетле пути.
Увјерен сам да гени за депигментацију код мезолитских Европљана још увијек нису откривени. Они (у могућем додатном садејству са генима које су донијели фармери/Индоевропљани) су највјероватније заслужни за натпросјечно свијетлу пут Европљана таквог типа.

[Црна Гуја]

Примијетио сам те аутозомалне анализе, али нисам спреман повјеровати у сваку небулозу коју оне потврде. Нпр. по тим анализама Баски су становништво "генетски" најсродније староевропљанима, иако антрополошки припадају доминантно медитеранском типу (чак шта више, њихов тип се истиче по врло малим димензијама лица).

Не знам откуд ти ово за Баске, колико знам код њих натполовично доминира фармерска генетика, што се сасвим лепо уклапа са њиховим медитеранским антрополошким типом:

Има тврдњи и да су Балти генетски најсроднији староевропљанима, но ни оне не пију воду, што због антропологије (одсуство нередукованих кромањонских типова), што због чињенице да имају више ANE елемента. Да, имају мање неолитског елемента, али мање неолитског елемента значи и мање WHG, јер је ENF компонента приближно 55-60% WHG. Технички имају 1-2 посто више WHG компоненте од сјеверозапда, али такође и више ANE и мање ENF, што их чини мање сродним мезолитским Европљанима. Ево колико далеко се ANE генетски котира од WHG (у успоредби са неолитским фармерима, који су неупоредиво ближе овој компоненти):

На горњој слици такође можеш видети да Литванци и Летонци заиста имају процентуално највећи удео "староевропске" компоненте, али то не мора значити да ће се тај удео нужно манифестовати у "кромањонском" фенотипу, јер ипак гени одговорни за фенотип чине само мали део укупног генома. Пошто код њих доминирају две мушке лозе (индоевропска R1а и угро-финска N1c), моје је мишљење да су за  велики део те староседелачке генетике одговорне женске линије (U5, U4, U2), које су доминирале код мезолитског становништва Источне Европе, а и данас су натпросечно заступљене у пределу Балтика. Нисам сигуран шта си тачно хтео рећи са помињањем АNЕ компоненте?

Ако су Европљани из горњег палеолита и мезолита потпуно истог фенотипа (и ако други потичу од првих), како онда први на калкулаторима испадају као "мјешанци" (примјер Костенки, Гојет, итд.), а други као "чисти Европљани"?

Разлог је једноставан, као мерило за WHG компоненту је узет Лошбур, дакле он је 100% WHG, а сви остали се пореде са његовим геномом. Они који су живели временски ближе њему су му и генетски ближи по том рачунању (што је логично), док су му они који су живели давно пре њега (као што су Костенки и Гојет) прилично далеки, тј. имају мањи удео његове генетике (што је опет логично), па тако у овом случају изгледају као мешанци. Разлог зашто је узет баш Лошбур је што је његов геном високог квалитета (х20).

Што се тиче довођења пигментације мезолитсих Европљана у питање, и даље стојим иза тога.
Ево још једног примјера непоклапања стварног изгледа са генетским анализама: Јакути и Амур Манџурци немају ни један монголоидни ген за депигментацију, иако су за те просторе натпросјечно свијетле пути.
Увјерен сам да гени за депигментацију код мезолитских Европљана још увијек нису откривени. Они (у могућем додатном садејству са генима које су донијели фармери/Индоевропљани) су највјероватније заслужни за натпросјечно свијетлу пут Европљана таквог типа.

Јеси ли сигуран да Јакути и Манџурци немају баш ниједан од гена који се повезују са светлом кожом? Ја не знам па зато питам, ако као што кажеш заиста немају OCA2 (rs1800414), који се повезује са светлом кожом код монголоидних народа, каква је ситуација са осталим (SLC24A5, SLC45A2, TYR, MC1R)? Твоје је право да верујеш у шта хоћеш, ја ти само кажем да за твоје тврдње тренутно не постоје никакви докази. Можда се у будућности открију гени одговорни за депигментацију код мезолитских Европљана, можда не.

[Небојша]

На горњој слици такође можеш видети да Литванци и Летонци заиста имају процентуално највећи удео "староевропске" компоненте, али то не мора значити да ће се тај удео нужно манифестовати у "кромањонском" фенотипу, јер ипак гени одговорни за фенотип чине само мали део укупног генома.

Чини ми се да управо то повезивање генотипа и фенотипа може збунити људе. Не мора да значи да ће нечија Y-днк, или аутосомална днк, нужно утицати и на изглед те особе. Ту може вероватно бити пресудан и неки "генчић" са стране.